PROTEIN COVARIANCE NETWORKS REVEAL INTERACTIONS IMPORTANT TO THE EMERGENCE OF SARS CORONAVIRUSES AS HUMAN PATHOGENS

The methods and compositions provided herein, relate in part, to the discovery of conserved interactions between amino acid residues in all proteins encoded by SARS-CoV-related viruses. Accordingly, pairs and networks of residue variants that exhibited statistically high frequencies of covariance with each other can be used as a new computational approach (Covariance-based Phylogeny Analysis) for understanding viral evolution and adaptation. Provided herein is evidence that the evolutionary processes that converted a bat virus into a human pathogen occurred through recombination with other viruses in combination with new adaptive mutations important for entry into human cells. Les méthodes et les compositions selon l'invention concernent, en partie, la découverte d'interactions conservées entre des résidus d'acides aminés dans toutes les protéines codées par des virus associés au SARS-CoV. Ainsi, des paires et des réseaux de variants de résidus qui ont présenté des fréquences statistiquement élevées de covariance les uns avec les autres peuvent être utilisés en tant que nouvelle approche computationnelle (analyse phylogénétique basée sur la covariance) pour comprendre l'évolution et l'adaptation virales. La présente invention démontre que les processus évolutifs qui ont converti un virus de chauve-souris en un pathogène humain se sont produits par recombinaison avec d'autres virus en combinaison avec de nouvelles mutations adaptatives importantes pour l'entrée dans des cellules humaines.