COMPOSITIONS AND METHODS FOR USE WITH FIXED SAMPLES

Disclosed are compositions, reagents, methods, kits and systems for improving un-fixing or decrosslinking of fixed biological particles, fixed membrane-bound particles, fixed cells, nuclei and/or the biomolecules (e.g., nucleic acids, RNA) of fixed cells or nuclei. Processing of nucleic acids and barcoding nucleic acids are disclosed. Methods for increasing amounts and quality of un-fixed biomolecules (e.g., nucleic acids, RNA) from fixed cells or nuclei are disclosed. Polymers like polyethylene glycol (PEG) increase the amount and quality of ribonucleic acid (RNA) obtained from un-fixed cells or nuclei. Disclosed are methods for using un-fixed cells/nuclei and biomolecules from un-fixed cells/nuclei in various assays. Polymers like PEG increase the efficiency of nucleic acid polymerase reactions (e.g., DNA polymerase, reverse transcriptase) in presence of un-fixing agents. In some examples, PEG increases reverse transcriptase activity, in the presence of proteases, when PEG is included in the reaction. L'invention divulgue des compositions, des réactifs, des procédés, des kits et des systèmes destinés à améliorer la dé-fixation ou la dé-réticulation de particules biologiques fixées, de particules fixées liées à une membrane, de cellules fixées, de noyaux et/ou des biomolécules (par exemple, des acides nucléiques, de l'ARN) de cellules ou noyaux fixés. L'invention divulgue également le traitement d'acides nucléiques et le codage-barres d'acides nucléiques. L'invention divulgue également des procédés destinés à augmenter les quantités et la qualité de biomolécules non fixées (par exemple, des acides nucléiques, de l'ARN) à partir de cellules ou de noyaux fixés. Des polymères, tels que le polyéthylène glycol (PEG), augmentent la quantité et la qualité de l'acide ribonucléique (ARN) obtenu à partir de cellules ou de noyaux non fixés. L'invention divulgue des procédés d'utilisation de cellules/noyaux et de biomolécules, non fixés, à partir de cellules/noyaux non fixés dans divers dosages. Des polymères, tels que le PEG, augmentent l'efficacité de réactions d'amplification d'acides nucléiques (par exemple, l'ADN polymérase, la transcriptase inverse) en présence d'agents de dé-fixation. Dans certains exemples, le PEG augmente l'activité de la transcriptase inverse, en présence de protéases, lorsque le PEG est compris dans la réaction.