COMPOSITE BIOMARKER FOR CANCER THERAPY

The disclosure provides a method for treating a subject afflicted with a cancer comprising administering to the subject a therapeutically effective amount of an anti-PD-1 antagonist, e.g., an anti-PD-1 or anti-PD-L1 antibody, in combination with an indoleamine 2,3-dioxygenase inhibitor, wherein the subject is identified as exhibiting a combined biomarker comprising (a) a high IFNγ inflammatory signature score and (b) a low tryptophan 2,3-dioxygenase 2 (TDO2) gene expression score. The high IFNγ inflammatory signature score is determined by measuring the expression of a panel of IFNγ related inflammatory genes in a cancer sample obtained from the subject, wherein the gene panel comprises, e.g., IFNγ, CXCL10, CXCL9, HLA-DRA, IDO1, and STAT1. In some aspects, the gene panel further comprises CCR5, CXCL11, GZMA, and PRF1. In some aspects, the gene panel comprises CXCR6, TIGIT, PD-L1, PD-L2, LAG3, NKG7, PSMB10, CMKLR1, CD8A, IDO1, CCL5, CXCL9, HLA.DQA1, CD276, HLA.DRB1, STAT1, HLA.E, and TDO2. La présente invention concerne un procédé de traitement d'un sujet atteint d'un cancer, comprenant l'administration au sujet d'une quantité thérapeutiquement efficace d'un antagoniste anti-PD-1, par exemple, un anticorps anti-PD-1 ou anti-PD-L1, en combinaison avec un inhibiteur de l'indoléamine 2,3-dioxygénase, le sujet étant identifié comme présentant un biomarqueur combiné comprenant (a) un score de signature inflammatoire IFNγ élevé et (b) un score d'expression du gène de tryptophane 2,3-dioxygénase 2 (TDO2). Le score de signature inflammatoire IFNγ élevé est déterminé en mesurant l'expression d'un panel de gènes inflammatoires associés à IFNγ dans un échantillon de cancer obtenu à partir du sujet, le panel de gènes comprenant, par exemple, IFNγ, CXCL10, CXCL9, HLA-DRA, IDO1, et STAT1. Dans certains aspects, le panel de gènes comprend en outre CCR5, CXCL11, GZMA, et PRF1. Dans certains aspects, le panel de gènes comprend CXCR6, TIGIT, PD-L1, PD-L2, LAG3, NKG7, PSMB10, CMKLR1, CD8A, IDO1, CCL5, CXCL9, HLA.DQA1, CD276, HLA.DRB1, STAT1, HLA.E, et TDO2.