SYSTEMS AND METHODS FOR PAIRWISE INFERENCE OF DRUG-GENE INTERACTION NETWORKS

Methods and systems are provided for determining whether a first cellular perturbation interacts with a second cellular perturbation in one of a specific cellular context and a background, in a cell based assay. Data points for one or more baseline state, perturbation state, compound state, and combination state are obtained, where the data points each include data for a plurality of cellular characteristics acquired across instances of the respective cellular state. A dimension reduction model is applied the data points to achieve a plurality of feature values from each of the data points. It is then determined whether the first cellular perturbation interacts with the second cellular perturbation in one of a specific cellular context and a background by using the features values achieved from the data points to resolve whether the combination of the gene and the compound has a threshold interaction effect on one or more cellular characteristics. L'invention concerne des procédés et des systèmes pour déterminer si une première perturbation cellulaire interagit avec une deuxième perturbation cellulaire dans un contexte cellulaire et/ou un arrière-plan spécifique, dans un dosage à base de cellules. Des points de données sont obtenus pour un ou plusieurs états de ligne de référence, états de perturbation, états de composé et états de combinaison, les points de données contenant chacun des données pour une pluralité de caractéristiques cellulaires acquises entre des instances de l'état cellulaire respectif. Un modèle de réduction de dimension est appliqué aux points de données pour obtenir une pluralité de valeurs de caractéristiques à partir de chacun des points de données. Il est ensuite déterminé si la première perturbation cellulaire interagit avec la deuxième perturbation cellulaire dans un contexte cellulaire et/ou un arrière-plan spécifique en utilisant les valeurs de caractéristiques obtenues à partir des points de données afin de déterminer si la combinaison du gène et du composé a un effet d'interaction de seuil sur une ou plusieurs caractéristiques cellulaires.