IDENTIFICATION OF NEOANTIGENS WITH MHC CLASS II MODEL

A method for identifying T-cells that are antigen-specific for at least one neoantigen that is likely to be presented by class II MHC alleles on surfaces of tumor cells of a subject. Peptide sequences of tumor neoantigens are obtained by sequencing the tumor cells of the subject. The peptide sequences are input into a machine-learned presentation model to generate presentation likelihoods for the tumor neoantigens, each presentation likelihood representing the likelihood that a neoantigen is presented by the class II MHC alleles on the surfaces of the tumor cells of the subject. A subset of the neoantigens is selected based on the presentation likelihoods. T-cells that are antigen-specific for at least one of the neoantigens in the subset are identified. These T-cells can be expanded for use in T-cell therapy. TCRs of these identified T-cells can also be sequenced and cloned into new T-cells for use in T-cell therapy. L'invention concerne un procédé d'identification de lymphocytes T qui sont spécifiques d'un antigène pour au moins un néo-antigène qui est susceptible de présenter des allèles de CMH de classe II sur des surfaces de cellules tumorales d'un sujet. Des séquences peptidiques de néo-antigènes tumoraux sont obtenues par séquençage de cellules tumorales du patient. Les séquences peptidiques sont introduites dans un modèle de présentation d'apprentissage automatique pour générer des probabilités de présentation pour les néo-antigènes tumoraux, chaque probabilité de présentation représentant la probabilité pour qu'un néo-antigène soit présenté par les allèles du CMH de classe II sur les surfaces des cellules tumorales du patient. Un sous-ensemble des néo-antigènes est sélectionné en fonction des probabilités de présentation. Une identification est réalisée des lymphocytes T qui sont spécifiques de l'antigène pour au moins l'un des néo-antigènes dans le sous-ensemble. Ces lymphocytes T peuvent être propagés en vue d'être utilisés dans une thérapie par lymphocytes T. Les TCR de ces lymphocytes T identifiés peuvent également être séquencés et clonés en de nouveaux lymphocytes T destinés à être utilisés dans une thérapie par lymphocytes T.