DATA BASED CANCER RESEARCH AND TREATMENT SYSTEMS AND METHODS

A method and system for conducting genomic sequencing, the method comprising storing a set of user application programs wherein each of the programs requires an application specific subset of data, for each of a plurality of patients that have cancerous cells and that receive cancer treatment, obtaining clinical records data in original forms including cancer state information, treatment types and treatment efficacy information, storing the clinical records data in a semi-structured first database, for each patient, using a genomic sequencer to generate genomic sequencing data for the patient's cancerous cells and normal cells, storing the sequencing data in the first database, shaping at least a subset of the first database data to generate system structured data including clinical record data and sequencing data wherein the system structured data is optimized for searching, storing the system structured data in a second database, for each user application program, selecting the application specific subset of data from the second database and storing the application specific subset of data in a structure optimized for application program interfacing in a third database. L'invention concerne un procédé et un système pour effectuer un séquençage génomique, le procédé comprenant le stockage d'un ensemble de programmes d'application d'utilisateur, chacun des programmes nécessitant un sous-ensemble spécifique d'application de données, pour chacun d'une pluralité de patients qui ont des cellules cancéreuses et qui reçoivent un traitement contre le cancer, l'obtention de données de dossiers cliniques dans des formes d'origine comprenant des informations d'état de cancer, des types de traitement et des informations d'efficacité de traitement, le stockage des données de dossiers cliniques dans une première base de données semi-structurée, pour chaque patient, à l'aide d'un séquenceur génomique pour générer des données de séquençage génomique pour les cellules cancéreuses et les cellules normales du patient, le stockage des données de séquençage dans la première base de données, la mise en forme au moins d'un sous-ensemble des premières données de base de données afin de générer des données structurées de système comprenant des données de dossier clinique et des données de séquençage, les données structurées de système étant optimisées pour la recherche, le stockage des données structurées de système dans une deuxième base de données, pour chaque programme d'applic