SIMULTANEOUS, SEQUENCING-BASED ANALYSIS OF PROTEINS, NUCLEOSOMES, AND CELL-FREE NUCLEIC ACIDS FROM A SINGLE BIOLOGICAL SAMPLE

The invention provides a method for the analysis of a biological sample to determine multiple types of information therefrom in a streamlined, combined workflow, where all information is obtained in a sequencing-based analysis. The information includes the presence and concentration of specific plasma proteins in a blood sample; the number, location, and types of histone modifications associated with cell-free DNA obtained from the same sample; the sequence of cfRNA and cfDNA in the cell-free DNA sample; and epigenetic information pertaining to the cell-free DNA, such as hydroxymethylation and methylation profiles, i.e., the distribution of 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) and 5-methylcytosine (5mC) residues, respectively. The invention additionally pertains to a classical sequencing-based method for analyzing a biological sample to determine one or more non-classical sequence features of the sample. Compositions, kits, and related methods are also provided, including an embodiment in which truncated sequencing adapters are used in conjunction with barcoded PCR primers. L'invention concerne un procédé d'analyse d'un échantillon biologique afin de déterminer à partir de celui-ci de multiples types d'informations dans un flux de travaux combiné optimisé, toutes les informations étant obtenues dans une analyse basée sur le séquençage. Les informations comprennent la présence et la concentration de protéines plasmatiques spécifiques dans un échantillon de sang ; le nombre, l'emplacement et des types de modifications d'histone associés à l'ADN acellulaire obtenu à partir du même échantillon ; la séquence d'ARN acellulaire et d'ADN acellulaire dans l'échantillon d'ADN acellulaire ; et des informations épigénétiques relatives à l'ADN acellulaire, tels que des profils d'hydroxyméthylation et de méthylation, c'est-à-dire la distribution de 5-hydroxyméthylcytosine (5 hmC) et de résidus 5-méthylcytosine (5 mC), respectivement. L'invention concerne en outre un procédé basé sur un séquençage classique pour l'analyse d'un échantillon biologique afin de déterminer une ou plusieurs caractéristique(s) de séquence non classique(s) de l'échantillon. L'invention concerne également des compositions, des kits et des procédés associés, y compris un mode de réalisation dans lequel des adaptateurs de séquençage tronqués sont utilisés conjointement avec des amorces de PCR pourvues d'un code à barres.