MOLECULAR TYPING OF MICROBES

A method for characterizing spacer regions in a CRISPR array from each of a plurality of microbial DNA isolates, the method comprising: in a separate reaction well for each of the plurality of microbial DNA isolates, performing a PCR with a microbial DNA isolate and at least one pair of primers configured to amplify spacers within a CRISPR array comprised in the microbial DNA isolate and to add at least one barcode that uniquely indexes the PCR products produced in the reaction well, pooling the PCR products produced from each of the plurality of microbial DNA isolates; and sequencing the pooled PCR products with a Next Generation Sequencing (NGS) system to obtain an aggregated sequence data. L'invention concerne un procédé de caractérisation de régions d'espacement dans un réseau CRISPR à partir de chacun parmi une pluralité d'isolats d'ADN microbien, le procédé consistant à : dans un puits de réaction séparé pour chacun de la pluralité d'isolats d'ADN microbiens, réaliser une PCR avec un isolat d'ADN microbien et au moins une paire d'amorces conçues pour amplifier les espaceurs dans un réseau CRISPR compris dans l'isolat d'ADN microbien et pour ajouter au moins un code à barres qui indexe de manière unique les produits de PCR produits dans le puits de réaction, regrouper les produits de PCR produits à partir de chacun parmi la pluralité d'isolats d'ADN microbiens ; et séquencer les produits de PCR regroupés à l'aide d'un système de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour obtenir des données de séquence agrégées.