METHODS FOR QUANTIFICATION OF NUCLEOSOME MODIFICATIONS AND MUTATIONS AT GENOMIC LOCI AND CLINICAL APPLICATIONS THEREOF

The invention relates to clinical applications of quantitative chromatin mapping assays, such as chromatin immunoprecipitation assays and assays using tethered enzymes (e.g., chromatin immunocleavage (ChIC) and cleavage under targets & release using nuclease (CUT&RUN®)). The methods may be used to detect and quantitate the presence of epigenetic modifications and mutations on nucleosomes (histones and/or DNA) from biological samples, monitor changes in the status of modifications and mutations, monitor the effectiveness of epigenetic and mutation therapies, select suitable treatments for a disease, determine the prognosis of a subject, identify biomarkers of a disease, and screen for agents that modify epigenetic or mutation status. The invention further relates to kits for use in the methods of the invention. L'invention concerne des applications cliniques de dosages quantitatifs de cartographie de la chromatine, tels que des dosages d'immunoprécipitation de la chromatine et des dosages utilisant des enzymes attachées (par exemple, un immunoclivage de la chromatine (ChIC) et le clivage sous cibles & libération à l'aide d'une nucléase (CUT&RUN®)). Les méthodes peuvent être utilisées pour détecter et quantifier la présence de modifications épigénétiques et de mutations sur des nucléosomes (histones et/ou ADN) à partir d'échantillons biologiques, surveiller des changements dans l'état de modifications et de mutations, surveiller l'efficacité de thérapies épigénétiques et de mutation, sélectionner des traitements appropriés pour une maladie, déterminer le pronostic d'un sujet, identifier des biomarqueurs d'une maladie, et cribler des agents qui modifient l'état épigénétique ou de mutation. L'invention porte en outre sur des kit utilisés dans les méthodes de l'invention.