SYSTEMS AND METHODS FOR IDENTIFYING AND QUANTIFYING GENE COPY NUMBER VARIATIONS

A method of identifying and quantifying copy number variations in a gene of interest for a genomic DNA sample includes (i) fragmenting a genomic DNA sample to produce a plurality of polynucleotide fragments, (ii) isolating a plurality of target polynucleotide fragments, (iii) sequencing the plurality of target polynucleotide fragments, (iv) aligning fragment sequences to a reference sequence, (v) calculating read depths for base positions of the plurality of target polynucleotide fragments, (vi) calculating copy number likelihoods for each base position of the reference sequence, (vii) performing a breakpoint analysis on a set of fragment sequences to identify at least one sequence variation located between selected breakpoint regions of the target gene and calculate modified copy number likelihoods for base positions of the reference sequence based on the at least one sequence variation, and (viii) determining whether the target gene includes at least one copy number variation. La présente invention concerne un procédé d'identification et de quantification de variations de nombre de copies d'un gène d'intérêt pour un échantillon d'ADN génomique consistant (i) à fragmenter un échantillon d'ADN génomique afin de produire une pluralité de fragments polynucléotidiques, (ii) à isoler une pluralité de fragments polynucléotidiques cibles, (iii) à séquencer la pluralité de fragments polynucléotidiques cibles, (iv) à aligner les séquences de fragments sur une séquence de référence, (v) à calculer des profondeurs de lecture pour des positions de bases de la pluralité de fragments polynucléotidiques cibles, (vi) à calculer des probabilités de nombre de copies pour chaque position de base de la séquence de référence, (vii) à effectuer une analyse de point d'arrêt sur un ensemble de séquences de fragments afin d'identifier au moins une variation de séquence située entre les régions de point d'arrêt sélectionnées du gène cible et à calculer des probabilités de nombre de copies modifié pour des positions de bases de la séquence de référence sur la base de la ou des variations de séquence, et (viii) à déterminer si le gène cible comprend au moins une variation du nombre de copies.