METHODS, SYSTEMS AND DEVICES FOR SELECTION AND GENERATION OF GENOME EDITED CLONES

Methods are described herein for isolating clonal populations of cells having a defined genetic modification. The methods are performed, at least in part, in a microfluidic device comprising one or more sequestration pens. The methods include the steps of: maintaining individual cells (or precursors thereof) that have undergone a genomic editing process in corresponding sequestration pens of a microfluidic device; expanding the individual cells into respective clonal populations of cells; and detecting, in one or more cells of each clonal population, the presence of a first nucleic acid sequence that is indicative of the presence of an on-target genome edit in the clonal population of cells. Also described are methods of performing genome editing within a microfluidic device, and compositions comprising one or more clonal populations of cells generated according to the methods disclosed herein. L'invention concerne des procédés d'isolement de populations clonales de cellules présentant une modification génétique déterminée. Les procédés sont mis en œuvre, au moins pour partie, dans un dispositif microfluidique comprenant un ou plusieurs compartiments de stockage. Les procédés comprennent les étapes consistant à maintenir des cellules isolées (ou des précurseurs de celles-ci) ayant subi un processus d'édition génomique dans des compartiments de stockage correspondants d'un dispositif microfluidique ; à procéder à l'expansion des cellules isolées pour obtenir des populations de cellules clonales propres à chaque cellule ; et à détecter, dans une ou plusieurs cellules de chaque population clonale, la présence d'une première séquence d'acide nucléique qui indique que le processus d'édition génomique s'est bien déroulé comme prévu dans la population de cellules clonales. L'invention concerne également des procédés de mise en œuvre d'un processus d'édition génomique dans un dispositif microfluidique, et des compositions comprenant une ou plusieurs populations clonales de cellules générées selon les procédés décrits ici.