OPTICAL METHOD AND APPARATUS FOR MEASURING BIOFILM THICKNESS AND TOPOLOGY

An apparatus and method of measuring biofilm and biological activity on a surface is disclosed. The apparatus includes a biofilm, which includes one or more microorganisms, grown on a substrate. A viewing window is placed on a surface of the biofilm and a gas bubble is introduced between the viewing window and the surface of the biofilm. The space between the substrate and the viewing window may be enclosed in a casing that has an inlet and an outlet, forming a flow cell. A microscope system, such as a white light interferometer, captures data of the biofilm in situ and non-destructively. The 3D images of biofilm surface have high resolution while maintaining a large field of view. This invention will be useful for fundamental studies of biofilms, biomedical and environmental screening, and many other applications in biology and the life sciences. L'invention concerne un appareil et un procédé permettant de mesurer un biofilm et l'activité biologique sur une surface. L'appareil comprend un biofilm, qui comprend un ou plusieurs micro-organismes, mis à croître sur un substrat. Une fenêtre de visualisation est placée sur une surface du biofilm et une bulle de gaz est introduite entre la fenêtre de visualisation et la surface du biofilm. L'espace entre le substrat et la fenêtre de visualisation peut être contenu dans un boîtier qui comporte une admission et une évacuation, formant une cellule d'écoulement. Un système de microscope, tel qu'un interféromètre en lumière blanche, capture des données du biofilm in situ et de façon non destructrice. Les images 3D de la surface du biofilm ont une haute résolution tout en conservant un grand champ de vision. L'invention sera utile pour des études fondamentales de biofilms, un dépistage biomédical et environnemental, et de nombreuses autres applications en biologie et sciences de la vie.