OPTIMISATION OF CODING SEQUENCE FOR FUNCTIONAL PROTEIN EXPRESSION

The present invention relates to an approach aimed at the modification of codons in individual polynucleotide sequences encoding a heterologous protein of interest, without altering the amino acid sequence of the polypeptide to enhance the amount of functional expression in a host organism of interest. In its broadest aspect, this approach exploits redundancy in the genetic code by providing a universal set of codons which may be used at certain positions in the polynucleotide sequence in order to achieve improved heterologous protein production in a range of host cells. The present invention also relates to specific codons which may be used to increase protein expression in particular hosts. The present invention also relates to the optimization of the translation efficiency of messenger RNAs on the basis of their secondary structure characteristics, and the provided set of criteria may be used to increase protein expression in particular hosts. La présente invention concerne une approche visant à la modification de codons dans des séquences polynucléotidiques individuelles codant pour une protéine hétérologue d'intérêt, sans modifier la séquence d'acides aminés du polypeptide, en vue d'augmenter la quantité d'expression fonctionnelle dans un organisme hôte d'intérêt. Dans son aspect le plus large, cette approche exploite une redondance dans le code génétique par la fourniture d'un ensemble universel de codons qui peut être utilisé au niveau de certaines positions dans la séquence polynucléotidique de manière à obtenir une production améliorée de protéines hétérologues dans une gamme de cellules hôtes. La présente invention concerne également des codons spécifiques qui peuvent être utilisés pour augmenter l'expression de protéines dans des hôtes particuliers. La présente invention concerne également l'optimisation de l'efficacité de traduction d'ARN messagers sur base de leurs caractéristiques de structure secondaire et l'ensemble obtenu de critères peut être utilisé pour augmenter l'expression de protéines dans des hôtes particuliers.