GENOME-WIDE METHYLATION ANALYSIS AND USE TO IDENTIFY GENES SPECIFIC TO BREAST CANCER HORMONE RECEPTOR STATUS AND RISK OF RECURRENCE

To better understand the biology of hormone receptor-positive and negative breast cancer and to identify methylated gene markers of disease progression, a genome-wide methylation array analysis was performed on 103 primary invasive breast cancers and 21 normal breast samples using the Illumina Infin...

Ausführliche Beschreibung

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Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	WOLFF, ANTONIO C, SUKUMAR, SARASWATI V, ZHANG, ZHE, VISVANATHAN, KALA, HUANG, PENG, UMBRICHT, CHRISTOPHER BENEDICT, FACKLER, MARY JO STEELE, COPE, LESLIE M
Format:	Patent
Sprache:	eng ; fre
Schlagworte:	BEER BIOCHEMISTRY CHEMISTRY COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR COMPOSITIONS THEREOF CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES CULTURE MEDIA ENZYMOLOGY INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES MEASURING MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS METALLURGY MICROBIOLOGY MICROORGANISMS OR ENZYMES MUTATION OR GENETIC ENGINEERING PHYSICS PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS PROPAGATING, PRESERVING OR MAINTAINING MICROORGANISMS SPIRITS TESTING VINEGAR WINE
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Beschreibung
Zusammenfassung:	To better understand the biology of hormone receptor-positive and negative breast cancer and to identify methylated gene markers of disease progression, a genome-wide methylation array analysis was performed on 103 primary invasive breast cancers and 21 normal breast samples using the Illumina Infinium HumanMethylation27 array that queried 27,578 CpG loci. Forty CpG loci showed differential methylation specific to either ER-positive or ER-negative tumors. Each of the 40 ER-subtype-specific loci was validated in silico using an independent, publicly available methylome dataset from The Cancer Genome Atlas (TCGA). In addition, 100 methylated CpG loci were identified that were significantly associated with disease progression. Arrays containing the ER-subtype-specific loci and their use in methods of diagnosis and treatment of breast cancer are provided. Selon l'invention, pour mieux comprendre la biologie du cancer du sein positif et négatif pour un récepteur hormonal et pour identifier des marqueurs géniques méthylés de la progression de la maladie, une analyse sur puce à méthylation sur génome total a été effectuée sur 103 cancers du sein primaires invasifs et 21 échantillons mammaires normaux à l'aide de la puce 27 de méthylation humaine Infinium Illumina qui a recherché 27578 loci CpG. Quarante loci CpG ont montré une méthylation différentielle spécifique de tumeurs soit ER positives, soit ER négatives. Chacun des 40 loci spécifiques d'un sous-type ER a été validé in silico à l'aide d'un ensemble de données de méthylome disponible au public, indépendant, provenant de l'Atlas du génome du cancer (TCGA). De plus, 100 loci CpG méthylés ont été identifiés, ceux-ci ayant été significativement associés à la progression de la maladie. L'invention concerne des puces contenant les loci spécifiques d'un sous-type ER et leur utilisation dans des méthodes de diagnostic et de traitement du cancer.