COMPUTATIONAL METHODS FOR PROTEIN STRUCTURE DETERMINATION

A screening method for determining secondary structures of a protein or polypeptide without performing computer simulation, is provided. The screening method is based in part on the interaction between the electrostatic forces and the electrostatic displacement forces in the protein, and makes use of a set of computational conditional statements. The screening method includes determining both alpha helix and beta sheet structures based on hydrophobic character and charges of the residues, among other considerations. A method for determining an overall folded structure of a protein using a physics-based simulation method with an initial configuration of the protein prepared according to the secondary structure(s) determined by the screening method, is also provided. L'invention porte sur un procédé de criblage pour déterminer les structures secondaires d'une protéine ou d'un polypeptide sans procéder à une simulation par ordinateur. Le procédé de criblage se fonde en partie sur l'interaction entre les forces électrostatiques et les forces de déplacement électrostatiques dans la protéine et utilise un ensemble d'instructions de condition de calcul. Le procédé de criblage comprend la détermination de la structure tant de l'hélice alpha que du feuillet bêta sur la base du caractère hydrophobe et des charges des résidus, entre autres considérations. L'invention porte aussi sur un procédé de détermination d'une structure repliée globale d'une protéine par utilisation d'une méthode de simulation à base physique, une configuration initiale de la protéine étant préparée conformément à la ou aux structures secondaires déterminées par le procédé de criblage.