SYSTEMS AND METHODS FOR DETERMINING AN AMOUNT OF STARTING REAGENT USING THE POLYMERASE CHAIN REACTION

Systems and methods for calculating an initial amount of target nucleic acid N0 in a sample are provided. A plurality of fluorescent measurements is received. Each respective fluorescent measurement FSn is taken in a different cycle n in a PCR amplification experiment of the sample. Then, a model fo...

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Hauptverfasser: MOORE, RICHARD L, BARTKOWIAK, MIROSLAW
Format: Patent
Sprache:eng ; fre
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Beschreibung
Zusammenfassung:Systems and methods for calculating an initial amount of target nucleic acid N0 in a sample are provided. A plurality of fluorescent measurements is received. Each respective fluorescent measurement FSn is taken in a different cycle n in a PCR amplification experiment of the sample. Then, a model for the PCR amplification experiment is computed. For each respective fluorescent measurement, the model comprises a respective equation for Nn, where (i) Nn is the calculated amount of the target nucleic acid in cycle n of the corresponding PCR amplification experiment, and (ii) the equation for Nn is expressed in terms of K and N0, where K is the Michaelis-Menton constant. The model can be refined by adjusting K and N0 until differences between model values Nn and corresponding fluorescent measurements are minimized, thereby calculating the initial amount of a target nucleic acid N0 as the minimized value for N0 for the model. L'invention concerne des systèmes et procédés servant à calculer la quantité initiale d'un acide nucléique cible N0 dans un échantillon. L'invention consiste à effectuer une pluralité de mesures de fluorescence. Chaque mesure de fluorescence respective FSn est prise dans un cycle n différent dans une expérience d'amplification par ACP de l'échantillon. Ensuite, un modèle pour l'expérience d'amplification par ACP est calculé par ordinateur. Pour chaque mesure de fluorescence respective, le modèle comprend une équation respective pour Nn, où (i) Nn est la quantité calculée de l'acide nucléique cible dans le cycle n de l'expérience d'amplification par ACP correspondante et (ii) l'équation pour Nn est exprimée en fonction deK et N0, où K est la constante de Michaelis-Menton. Le modèle peut être affiné en ajustant K et N0 jusqu'à ce que les différences entre les valeurs Nn du modèle et les mesures de fluorescence correspondantes soient minimisées, ce par quoi la quantité initiale d'un acide nucléique N0 est calculée comme étant la valeur minimisée pour N0 pour le modèle.