CELL CULTURE SYSTEM OF A HEPATITIS C GENOTYPE 3A AND 2A CHIMERA

The present inventors have developed a culture system for genotype 3a, which has a high prevalence worldwide. Since intergenotypic recombinant genomes exploiting the replication characteristics of JFH1 will be a valuable tool for the genotype specific study of the replaced genes and related therapeutics, the present inventors constructed a genotype 3a/2a (S52/JFH1) recombinant containing the structural genes (Core, E1, E2), p7 and NS2 of strain S52 and characterized it in Huh7.5 cells. S52/JFH1 and J6/JFH viruses passaged in cell culture had comparable growth kinetics and yielded similar peak HCV RNA titers and infectivity titers. Direct genome sequencing of cell culture derived S52/JFH1 viruses identified putative adaptive mutations in Core, E2, p7, NS3 and NS5A; clonal analysis revealed, that all genomes analyzed exhibited different combinations of these mutations. Finally, viruses resulting from transfection with RNA transcripts of five S52/JFH1 recombinant containing these combinations of putative adaptive mutations performed as efficiently as J6/JFH viruses in Huh7.5 15 cells and were all genetically stable after viral passage. In conclusion, the present inventors have developed a robust and genetically stable cell culture system for HCV genotype 3a. La présente invention concerne la mise au point par les inventeurs d'un système de culture cellulaire pour le génotype 3A, qui présente une prévalence élevée à l'échelle mondiale. Puisque des génomes recombinants intergénotypiques exploitant les caractéristiques de réplication de JFH1 constituent un outil précieux pour l'étude génotypique spécifique des gène remplacés et des thérapeutiques associées, les inventeurs ont construit un virus recombinant du génotype 3a/2a (S52/JFH1) contenant les gènes structuraux (Core, E1,E2), p7 et NS2 de la souche S52 et l'ont caractérisé dans les cellules Huh7.5. Les virus S52/JFH1 et J6/JFH, après leur passage dans une culture cellulaire, ont présenté une cinétique de croissance comparable et produit des titres d'ARN VHC et des titres d'infectivité présentant des pics similaires. Le séquençage génomique direct des virus S52/JFH1 issus d'une culture cellulaire a permis d'identifier des mutations adaptatives putatives dans Core, E2, p7, NS3 et NS5A; une analyse clonale a révélé que tous les génomes étudiés présentaient différentes combinaisons de ces mutations. Enfin, des virus résultant d'une transfection par des transcrits d'ARN de cinq virus recombinants S52/JFH1 conten