SOURCE TAGGING AND NORMALIZATION OF DNA FOR PARALLEL DNA SEQUENCING, AND DIRECT MEASUREMENT OF MUTATION RATES USING THE SAME

This invention allows efficient tagging and normalization of DNA molecules prior to pooling and characterization using parallel DNA sequencing (e.g., commercially available 454 sequencers). The invention provides novel ways to process independent DNA samples (sources) so that similar numbers of molecules from each source are represented in the pool (i.e., the pool is normalized for representation among the sources). These approaches would save researchers time and energy relative to approaches currently available. In other embodiments, the invention provides novel ways to process large numbers of independently derived DNA samples that can be uniquely tagged in ways that allow the source of the DNA (e.g., an individual) to be tracked. The invention also provides novel ways for processing DNA to consistently obtain various portions of the genome to compare DNA sequences and directly measure mutations using state of the art massively parallel DNA sequencing (e.g., commercially available 454 sequencers and others. The invention is useful for the production of diagnostic assays for individuals prior to reproduction (e.g., cancer survivors who wish to procreate) and also for diagnostics of cancer (thus affecting the choice of treatment for cancer). La présente invention concerne une insertion efficace d'un marqueur et une normalisation efficace de molécules d'ADN avant de les rassembler et de les caractériser en utilisant le séquençage parallèle de l'ADN (par exemple, 454 séquenceurs disponibles dans le commerce). L'invention concerne de nouvelles manières de traiter des échantillons d'ADN indépendants (sources) de sorte qu'un nombre similaire de molécules à partir de chaque source soit représenté dans l'ensemble (c'est-à-dire, l'ensemble est normalisé pour une représentation des sources). Ces approches devraient faire gagner du temps et de l'énergie aux chercheurs par rapport aux approches actuellement disponibles. Dans d'autres modes de réalisation, l'invention concerne de nouvelles manières de traiter un large nombre d'échantillons indépendants dérivant de l'ADN qui peuvent être marqués de manière unique de sorte à permettre à la source d'ADN (par exemple, un individu) d'être repérée. L'invention concerne également de nouvelles manières de traiter l'ADN afin d'obtenir de manière constante des parties diverses du génome pour comparer les séquences d'ADN et mesurer directement les mutations en utilisant le séquençage de pointe massivement parallèle de l'ADN (pa