METHOD AND SYSTEM FOR SEARCHING FOR PATTERNS IN DATA

Methods and systems for searching by computer for patterns in data are disclosed. These have particular, but not exclusive application to searching for target nucleotide sequences within a gene database. In the method can be performed by a computer that computer includes a central processing unit (CPU) that has one or more processing core, main memory accessible for read and write operations by the CPU, one or more graphics processing unit (GPU), and graphics memory accessible for read and write operations by the GPU. The method includes a step in which data to be processed as part of the pattern matching algorithm are transferred to the graphics memory, the GPU is operated to perform one or more processing step on the data. Following completion of the processing step, processed data are transferred from the graphics memory to the main memory. Algorithms that can be implemented using the invention include deterministic algorithms (e.g., Smith-Waterman) and non-deterministic algorithms (e.g., BLAST). L'invention concerne des procédés et des systèmes permettant de rechercher par ordinateur des formes dans des données. Ils peuvent en particulier, mais pas exclusivement, être appliqués dans la recherche des séquences des nucléotides cibles dans une base de données de gènes. L'ordinateur qui peut réaliser le procédé comprend une unité centrale (UC) possédant un ou plusieurs coers de traitement, une mémoire principale accessible pour les opérations de lecture et d'écriture de l'UC, un ou plusieurs processeurs graphiques (GPU) et une mémoire graphique accessible pour les opérations de lecture et d'écriture du ou des GPU. Le procédé comprend une étape au cours de laquelle les données devant être traitées comme une partie de l'algorithme d'appariement de formes sont transférées dans la mémoire graphique, et le ou les GPU servent à réaliser une ou plusieurs étapes de traitement des données. Lorsque l'étape de traitement est terminée, les données traitées sont transférées de la mémoire graphique à la mémoire principale. Les algorithmes déterministes (par exemple Smith-Waterman) et les algorithmes non déterministes (par exemple BLAST) font partie des algorithmes pouvant être mis en application grâce à l'invention.