A METHOD FOR DETERMINING AND PREDICTING PROTEIN AUTONOMOUS FOLDING

Techniques for determining an equilibrium structure of a protein in a predetermined environment, the protein having Ramachandran angles and a known denatured structure, are disclosed. In a preferred embodiment, a method is presented which involves determining a maximum RMS volume of the known denatured structure of the protein and calculating at least one force on the protein in its current structure in the predetermined environment. The net torque resulting from the at least one force for each of the Ramachandran angles of the protein is then determined. Then at least one section of the protein structure on a side of a Ramachandran angle with greatest torque is rotated to form a new structure. A new RMS volume for the new structure is then calculated, and the method is repeated using the new structure. The method ceases when the new RMS volume of the new protein structure is not less than the RMS volume of the starting structure. L'invention concerne des techniques servant à déterminer une structure d'équilibre d'une protéine dans un environnement prédéterminé, ladite protéine possédant des angles de Ramachandran et une structure dénaturée connue. Dans un mode de réalisation préféré, une méthode met en oeuvre la détermination d'un volume maximal de valeur quadratique moyenne de la structure dénaturée connue de la protéine et le calcul d'au moins une force sur la protéine dans sa structure actuelle au sein de l'environnement prédéterminé. La torsion nette résultant de ladite force pour chacun des angles de Ramachandran de la protéine est alors déterminée. Puis, au moins une section de la structure de la protéine sur un côté d'un angle de Ramachandran possédant une torsion plus grande est amenée à tourner pour former une nouvelle structure. Un nouveau volume de valeur quadratique moyenne pour la nouvelle structure est ensuite calculé, et cette méthode est répétée à l'aide de la nouvelle structure. La méthode est interrompue, lorsque le nouveau volume de valeur quadratique moyenne de la nouvelle structure de protéine est égal ou supérieur au volume de valeur quadratique moyenne de la structure de départ.