IMPROVED STRATEGIES FOR SEQUENCING COMPLEX GENOMES USING HIGH THROUGHPUT SEQUENCING TECHNOLOGIES

A method for determining a genome sequence comprising the steps of digesting the genome with at least one first restriction endonuclease, ligating at least one adaptor to the restriction fragments of the first subset, selectively amplifying the first set of adaptor-ligated restriction fragments using a first primer combination wherein at least a first primer contains a first selected sequence at the 3' end of the primer sequence, comprising 1-10 selective nucleotides, repeating these steps with at least a second primer combinations wherein the primer contains a different second selected sequence, fragmenting each of the subsets of amplified adaptor-ligated restriction fragments to generate sequencing libraries, determine the nucleotide sequence of the fragments, aligning the sequence of the fragments in each of the libraries to generate contigs, repeating these steps for one second and /or further restriction endonucleases, aligning the contigs obtained for each of the second and /or further restriction endonucleases to provide for a sequence of the genome. Cette invention concerne un procédé permettant de déterminer une séquence de génome. Ce procédé consiste à digérer le génome avec au moins une première endonucléase de restriction, à ligaturer au moins un adaptateur aux fragments de restriction du premier sous-ensemble, à amplifier de manière sélective le premier ensemble de fragments de restriction ligaturés à l'adaptateur à l'aide une première combinaison d'amorce dans laquelle au moins une première amorce contient une première séquence sélectionnée à l'extrémité 3' de la séquence d'amorce, comprenant 1 à 10 nucléotides sélectifs, à répéter ces étapes avec au moins une seconde combinaison d'amorce dans laquelle l'amorce contient une deuxième séquence sélectionnée différente, à fragmenter chacun des sous-ensembles de fragments de restriction ligaturés à l'adaptateur amplifiés pour générer des bibliothèques de séquençage et pour déterminer la séquence nucléotidique des fragments, à aligner la séquence des fragments dans chacune des bibliothèques pour générer des contigs, à répéter ces étapes pour une deuxième et/ou d'autres endonucléases de restriction, à aligner les contigs obtenus pour chacune des deuxième et/ou autres endonucléases de restriction pour fournir une séquence du génome.