METHODS FOR FOR MODELING GPCRS AND FOR PRODUCING LIGAND BLOCKING AND RECEPTOR ACTIVATING ANTIBODIES FOR SAME

A method for modeling G protein coupled receptors (GPCR) and producing conformationally constrained peptides or fragments thereof that generally includes the steps of­ providing a molecular model of a GPCR and identifying a peptide sequence therein, having at least one peptide residue involved in ligand. binding; identifying a plurality of amino acid sequences extracellular and proximal to at least one transmembrane domain and at least one extracellular loop; identifying at least one amino acid on said loop as an optimal location for a conformational constraint in said extracellular loop; mutating said identified amino acid to cysteine if not already cysteine; covalently connecting one or more linkers to said cysteine to conformationally constrain said peptide; and characterizing said constrained peptide using nuclear magnetic resonance (NMR) to verify a stable tertiary structure having conformations substantially similar to overlapping regions of a molecular model of said modeled GPCR containing said peptide. L'invention concerne un procédé destiné à modeler des récepteurs couplés à la protéine G (GPCR) et à produire des peptides ou des fragments de ceux-ci contraints sur le plan conformationnel, contenant généralement les étapes consistant : à fournir un modèle moléculaire d'un GPCR et à identifier une séquence peptidique à l'intérieur de celui-ci, ce dernier possédant au moins un reste peptidique impliqué dans la liaison aux ligands; à identifier plusieurs séquences d'acides aminés extracellulaires et proximales dans au moins un domaine transmembranaire et au moins une boucle extracellulaire; à identifier au moins un acide aminé sur cette boucle en tant qu'emplacement optimal pour une contrainte conformationnelle dans ladite boucle; à muter l'acide aminé identifié en cystéine s'il ne consiste pas déjà en cystéine; à connecter de façon covalente un ou plusieurs ligands à cette cystéine en vue de contraindre de façon conformationnelle ce peptide; et à caractériser ce peptide contraint au moyen de la résonance magnétique nucléaire (NMR) afin de vérifier une structure tertiaire stable possédant des conformations sensiblement similaires à des zones de chevauchement d'un modèle moléculaire de ce GPCR modelé contenant ce peptide.