METHODS AND SYSTEMS FOR PREPARING VIRTUAL REPRESENTATIONS OF MOLECULES

Methods and systems for improving virtual representations of large molecules, provide a "prepared" virtual representation of the target protein. The prepared virtual representation of the target protein is useful for further in-silico, or computer processing. Further processing can include, without limitation, designing of small molecules that will potentially bind and/or interact with the target protein. In accordance with the invention, one or more features of the virtual representation of the protein are assessed. One or more of a variety of assessments can be performed including, without limitation, analyzing for completeness (e.g., missing and/or incomplete residues and/or side chains), identifying missing (typically smaller) atoms, determining ionization states (i.e., protonated or not), determining orientation of bonds, and/or identifying atoms that are not part of the protein. The virtual representation of the protein is then modified, as needed, based, at least in part, on the assessment(s). Modification can include, without limitation, refining, improving, tailoring, editing, and/or revising the virtual representation of the protein. L'invention concerne des procédés et des systèmes pour améliorer les représentations virtuelles de grandes molécules, produisant une représentation virtuelle /= de la protéine cible. La représentation virtuelle /= de la protéine cible est utilisée in silico, ou pour le traitement informatique. Le traitement peut comprendre, de plus, sans limitation, la conception de molécules plus petites qui lient potentiellement et/ou qui sont en interaction avec la protéine cible. Selon l'invention, une ou plusieurs caractéristiques de la représentation virtuelle de la protéine sont évaluées. Une ou plusieurs évaluations de la pluralité d'évaluations peuvent être effectuées notamment, sans limitation, l'analyse de l'intégralité (par exemple des résidus manquants et/ou incomplets et/ou des chaînes secondaires), l'identification des atomes (généralement plus petits) manquants, la détermination d'états d'ionisation (c'est-à-dire protonés ou non), la détermination de l'orientation de liaisons, et/ou l'identification d'atomes qui ne font pas partie de la protéine. La représentation virtuelle de la protéine est alors modifiée, si nécessaire, sur la base des évaluations, au moins partiellement. La modification peut comprendre, sans limite, le raffinage, l'amélioration, la personnalisation, l'édition, et/ou la