METHOD FOR IDENTIFYING SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS (SNP) IN GENES WHICH METABOLIZE MEDICAMENTS AND TEST KIT FOR CARRYING OUT SAID METHOD
Die Erfindung betrifft ein vereinfachtes Verfahren zum Nachweis von SNP in Cytochrom P450 (CYP)-Genen des Menschen und ein Test Kit mit folgenden Komponenten: 1. Neu entwickelte synthetische Oligonukleotide, die geeignet sind, Genabschnitte in Genen des Arzneimittelmetabolismus mit Hilfe der "D...
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| Format: | Patent |
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| creator | VOIGT, GESINE STROHNER, PAVEL SCHUNCK, WOLF-HAGEN SCHREIBER, JOACHIM NEUNABER, RALF |
| description | Die Erfindung betrifft ein vereinfachtes Verfahren zum Nachweis von SNP in Cytochrom P450 (CYP)-Genen des Menschen und ein Test Kit mit folgenden Komponenten: 1. Neu entwickelte synthetische Oligonukleotide, die geeignet sind, Genabschnitte in Genen des Arzneimittelmetabolismus mit Hilfe der "DNA Polymerase Chain Reaction" Technologie (PCR) isoformspezifisch (IS-PCR) aus genomischer Leukozyten-DNA zu amplifizieren, 2. Komponenten, die es ermöglichen, einzelsträngig biotinierte IS-PCR Produkte auf Streptavidin beschichteten Mikrotiterplatten (SA-MTP) selektiv, thermostabil und einzelsträngig zu immobilisieren, 3. testoptimierte, allelspezifische, Fluoresceinisothiocyanat (FITC) markierte synthetische Oligonukleotide, die durch Hybridisierung, nachfolgende stringente Waschung und anschließende Detektion mittels Fluorometrie bzw. Photometrie eine sichere Genotypisierung der irrmobilisierten Amplifikationsprodukte (Amplikons) gewährleisten, oder alternativ dazu, 4. Streptavidin beschichtete Glasobjektträger (SA-Chip) auf denen biotinierte, isoformspezifische, synthetische Oligonukleotide immobilisiert sind, welche mit partiell einzelsträngigen PCR Produkten hybridisiert werden, die durch diskriminierende Verlängerung eines allelspezifischen, endständig FITC markierten Oligonukleotides mittels Taq DNA Polymerase erzeugt wurden und durch nachfolgende stringente Waschung und anschließende Detektion mittels Fluorometrie bzw. Photometrie eine sichere Genotypisierung der hybridisierten Amplikons gewährleisten. Im Unterschied zu den bekannten "high-throughput"-Verfahren ermöglicht es die hier beschriebene Erfindung, auch an wenigen Einzelpatienten bei niedrigen Personal- und Sachkosten die therapeutisch wichtigen Befunde zur individuellen Ausstattung mit den verschiedenen CYP Allelen zu erheben.
The invention relates to a simplified method for identifying SNP in human cytochrome P450 (CYP) genes and to a test kit comprising the following components: 1. Novel synthetic oligonucleotides, suitable for amplifying gene segments in genes that metabolize medicaments, with the aid of isoform-specific (IS-PCR) DNA polymerase chain reaction technology (PCR), from genomic leukocyte DNA, 2. Components enabling the selective, thermostable, single-stranded immobilization of biotinated IS-PCR products on microplates coated with streptavidin (SA-MTP), 3. Test optimized, allele-specific, fluorescein isothiocyanate (FITC) labeled synthetic oligonucleotides, which guarantee a reliabl |
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The invention relates to a simplified method for identifying SNP in human cytochrome P450 (CYP) genes and to a test kit comprising the following components: 1. Novel synthetic oligonucleotides, suitable for amplifying gene segments in genes that metabolize medicaments, with the aid of isoform-specific (IS-PCR) DNA polymerase chain reaction technology (PCR), from genomic leukocyte DNA, 2. Components enabling the selective, thermostable, single-stranded immobilization of biotinated IS-PCR products on microplates coated with streptavidin (SA-MTP), 3. Test optimized, allele-specific, fluorescein isothiocyanate (FITC) labeled synthetic oligonucleotides, which guarantee a reliable genotyping of the immobilized amplification products (amplicons), by hybridization, subsequent stringent washing and finally detection using fluorometry or photometry, or alternatively 4. Streptavidin coated glass object carrier (SA chip), on which biotinated, isoform-specific, synthetic oligonucleotides are immobilized, which are hybridized with partially single-stranded PCR products that have been produced by a discriminatory extension of an allele-specific, terminally FITC labeled oligonucleotide using Taq DNA Polymerase and which guarantee a reliable genotyping of the immobilized amplicons by subsequent stringent washing and finally detection using fluorometry or photometry. In comparison with the known high-throughput method, said invention enables clinical findings, which are of therapeutic importance for an individual provision of the different CYP alleles, to be established at low cost in terms of personnel and resources, even for small numbers of individual patients.
L'invention concerne un procédé simplifié, servant à l'identification de SNP dans des gènes de cytochromes P450 (CYP) chez l'homme et un kit de test comportant les éléments suivants : 1) de nouveaux oligonucléotides de synthèse, appropriés pour amplifier des segments de gène dans des gènes du métabolisme de médicaments, par PCR (réaction en chaîne de l'ADN polymérase) spécifique des isoformes (IS--PCR) à partir d'ADN génomique de leucocytes ; 2) des éléments qui permettent d'immobiliser des produits IS-PCR biotinylés sous forme de simple brin sur des plaques de microtitration revêtues de streptavidine (SA-MTP) de manière sélective, thermostable et sous forme de simple brin ; 3) des oligonucléotides de synthèse, optimisés pour le test, spécifique de l'allèle considéré, marqués par un isothiocyanate de fluorescéine (FITC), qui assurent un génotypage fiable des produits d'amplification immobilisés (amplicons), par hybridation, suivie d'un lavage stringent et d'une détection par fluorométrie ou photométrie ; ou en variante 4) des porte-objets en verre revêtus de streptavidine (puce SA) sur lesquels sont immobilisés des oligonucléotides synthétiques, spécifiques des isoformes, biotinylés, hybridés par des produits de PCR partiellement simple brin, qui ont été produits par allongement discriminatoire d'un oligonucléotide marqués par un FITC, à l'extrémité terminale, spécifique à l'allèle, au moyen d'une Taq ADN polymérase et qui assurent un génotypage fiable de l'amplicon hybridé, par lavage stringent suivi d'une détection par fluorométrie ou photométrie. A la différence des procédés à haut débit connus, le procédé selon l'invention permet d'obtenir, avec de faibles coûts en personnel et en matériel, même à partir d'un faible nombre de patients individuels, des résultats importants sur le plan thérapeutique, le traitement étant adapté à chaque patient en fonction des différents allèles de CYP.</description><edition>7</edition><language>eng ; fre ; ger</language><subject>BEER ; BIOCHEMISTRY ; CHEMISTRY ; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR ; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES ; ENZYMOLOGY ; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS ; METALLURGY ; MICROBIOLOGY ; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING ; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS ; SPIRITS ; VINEGAR ; WINE</subject><creationdate>2004</creationdate><oa>free_for_read</oa><woscitedreferencessubscribed>false</woscitedreferencessubscribed></display><links><openurl>$$Topenurl_article</openurl><openurlfulltext>$$Topenurlfull_article</openurlfulltext><thumbnail>$$Tsyndetics_thumb_exl</thumbnail><linktohtml>$$Uhttps://worldwide.espacenet.com/publicationDetails/biblio?FT=D&date=20040708&DB=EPODOC&CC=WO&NR=2004018707A3$$EHTML$$P50$$Gepo$$Hfree_for_read</linktohtml><link.rule.ids>230,308,780,885,25563,76318</link.rule.ids><linktorsrc>$$Uhttps://worldwide.espacenet.com/publicationDetails/biblio?FT=D&date=20040708&DB=EPODOC&CC=WO&NR=2004018707A3$$EView_record_in_European_Patent_Office$$FView_record_in_$$GEuropean_Patent_Office$$Hfree_for_read</linktorsrc></links><search><creatorcontrib>VOIGT, GESINE</creatorcontrib><creatorcontrib>STROHNER, PAVEL</creatorcontrib><creatorcontrib>SCHUNCK, WOLF-HAGEN</creatorcontrib><creatorcontrib>SCHREIBER, JOACHIM</creatorcontrib><creatorcontrib>NEUNABER, RALF</creatorcontrib><title>METHOD FOR IDENTIFYING SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS (SNP) IN GENES WHICH METABOLIZE MEDICAMENTS AND TEST KIT FOR CARRYING OUT SAID METHOD</title><description>Die Erfindung betrifft ein vereinfachtes Verfahren zum Nachweis von SNP in Cytochrom P450 (CYP)-Genen des Menschen und ein Test Kit mit folgenden Komponenten: 1. Neu entwickelte synthetische Oligonukleotide, die geeignet sind, Genabschnitte in Genen des Arzneimittelmetabolismus mit Hilfe der "DNA Polymerase Chain Reaction" Technologie (PCR) isoformspezifisch (IS-PCR) aus genomischer Leukozyten-DNA zu amplifizieren, 2. Komponenten, die es ermöglichen, einzelsträngig biotinierte IS-PCR Produkte auf Streptavidin beschichteten Mikrotiterplatten (SA-MTP) selektiv, thermostabil und einzelsträngig zu immobilisieren, 3. testoptimierte, allelspezifische, Fluoresceinisothiocyanat (FITC) markierte synthetische Oligonukleotide, die durch Hybridisierung, nachfolgende stringente Waschung und anschließende Detektion mittels Fluorometrie bzw. Photometrie eine sichere Genotypisierung der irrmobilisierten Amplifikationsprodukte (Amplikons) gewährleisten, oder alternativ dazu, 4. Streptavidin beschichtete Glasobjektträger (SA-Chip) auf denen biotinierte, isoformspezifische, synthetische Oligonukleotide immobilisiert sind, welche mit partiell einzelsträngigen PCR Produkten hybridisiert werden, die durch diskriminierende Verlängerung eines allelspezifischen, endständig FITC markierten Oligonukleotides mittels Taq DNA Polymerase erzeugt wurden und durch nachfolgende stringente Waschung und anschließende Detektion mittels Fluorometrie bzw. Photometrie eine sichere Genotypisierung der hybridisierten Amplikons gewährleisten. Im Unterschied zu den bekannten "high-throughput"-Verfahren ermöglicht es die hier beschriebene Erfindung, auch an wenigen Einzelpatienten bei niedrigen Personal- und Sachkosten die therapeutisch wichtigen Befunde zur individuellen Ausstattung mit den verschiedenen CYP Allelen zu erheben.
The invention relates to a simplified method for identifying SNP in human cytochrome P450 (CYP) genes and to a test kit comprising the following components: 1. Novel synthetic oligonucleotides, suitable for amplifying gene segments in genes that metabolize medicaments, with the aid of isoform-specific (IS-PCR) DNA polymerase chain reaction technology (PCR), from genomic leukocyte DNA, 2. Components enabling the selective, thermostable, single-stranded immobilization of biotinated IS-PCR products on microplates coated with streptavidin (SA-MTP), 3. Test optimized, allele-specific, fluorescein isothiocyanate (FITC) labeled synthetic oligonucleotides, which guarantee a reliable genotyping of the immobilized amplification products (amplicons), by hybridization, subsequent stringent washing and finally detection using fluorometry or photometry, or alternatively 4. Streptavidin coated glass object carrier (SA chip), on which biotinated, isoform-specific, synthetic oligonucleotides are immobilized, which are hybridized with partially single-stranded PCR products that have been produced by a discriminatory extension of an allele-specific, terminally FITC labeled oligonucleotide using Taq DNA Polymerase and which guarantee a reliable genotyping of the immobilized amplicons by subsequent stringent washing and finally detection using fluorometry or photometry. In comparison with the known high-throughput method, said invention enables clinical findings, which are of therapeutic importance for an individual provision of the different CYP alleles, to be established at low cost in terms of personnel and resources, even for small numbers of individual patients.
L'invention concerne un procédé simplifié, servant à l'identification de SNP dans des gènes de cytochromes P450 (CYP) chez l'homme et un kit de test comportant les éléments suivants : 1) de nouveaux oligonucléotides de synthèse, appropriés pour amplifier des segments de gène dans des gènes du métabolisme de médicaments, par PCR (réaction en chaîne de l'ADN polymérase) spécifique des isoformes (IS--PCR) à partir d'ADN génomique de leucocytes ; 2) des éléments qui permettent d'immobiliser des produits IS-PCR biotinylés sous forme de simple brin sur des plaques de microtitration revêtues de streptavidine (SA-MTP) de manière sélective, thermostable et sous forme de simple brin ; 3) des oligonucléotides de synthèse, optimisés pour le test, spécifique de l'allèle considéré, marqués par un isothiocyanate de fluorescéine (FITC), qui assurent un génotypage fiable des produits d'amplification immobilisés (amplicons), par hybridation, suivie d'un lavage stringent et d'une détection par fluorométrie ou photométrie ; ou en variante 4) des porte-objets en verre revêtus de streptavidine (puce SA) sur lesquels sont immobilisés des oligonucléotides synthétiques, spécifiques des isoformes, biotinylés, hybridés par des produits de PCR partiellement simple brin, qui ont été produits par allongement discriminatoire d'un oligonucléotide marqués par un FITC, à l'extrémité terminale, spécifique à l'allèle, au moyen d'une Taq ADN polymérase et qui assurent un génotypage fiable de l'amplicon hybridé, par lavage stringent suivi d'une détection par fluorométrie ou photométrie. A la différence des procédés à haut débit connus, le procédé selon l'invention permet d'obtenir, avec de faibles coûts en personnel et en matériel, même à partir d'un faible nombre de patients individuels, des résultats importants sur le plan thérapeutique, le traitement étant adapté à chaque patient en fonction des différents allèles de CYP.</description><subject>BEER</subject><subject>BIOCHEMISTRY</subject><subject>CHEMISTRY</subject><subject>COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR</subject><subject>CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES</subject><subject>ENZYMOLOGY</subject><subject>MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS</subject><subject>METALLURGY</subject><subject>MICROBIOLOGY</subject><subject>MUTATION OR GENETIC ENGINEERING</subject><subject>PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS</subject><subject>SPIRITS</subject><subject>VINEGAR</subject><subject>WINE</subject><fulltext>true</fulltext><rsrctype>patent</rsrctype><creationdate>2004</creationdate><recordtype>patent</recordtype><sourceid>EVB</sourceid><recordid>eNqNTksKwjAU7MaFqHd44EYXQv1A3cbktXnYJiVJKXVTisSVaKEew0MbqgdwMzMww8xMo3eBTmoBqTZAApWjtCGVgQ2QI6iK56hdcKDUeVNoU0qyhYWVVeUaSEGGCi3UkriE0MVOOqcLBimIsyIUWmBKgEPr4ExuHOLMmHFFVw4sIwHfF_Nocuvug1_8eBYtU3Rcbnz_bP3Qd1f_8K-21rs4PsTbYxInbL__L_UBT0FARg</recordid><startdate>20040708</startdate><enddate>20040708</enddate><creator>VOIGT, GESINE</creator><creator>STROHNER, PAVEL</creator><creator>SCHUNCK, WOLF-HAGEN</creator><creator>SCHREIBER, JOACHIM</creator><creator>NEUNABER, RALF</creator><scope>EVB</scope></search><sort><creationdate>20040708</creationdate><title>METHOD FOR IDENTIFYING SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS (SNP) IN GENES WHICH METABOLIZE MEDICAMENTS AND TEST KIT FOR CARRYING OUT SAID METHOD</title><author>VOIGT, GESINE ; STROHNER, PAVEL ; SCHUNCK, WOLF-HAGEN ; SCHREIBER, JOACHIM ; NEUNABER, RALF</author></sort><facets><frbrtype>5</frbrtype><frbrgroupid>cdi_FETCH-epo_espacenet_WO2004018707A33</frbrgroupid><rsrctype>patents</rsrctype><prefilter>patents</prefilter><language>eng ; fre ; ger</language><creationdate>2004</creationdate><topic>BEER</topic><topic>BIOCHEMISTRY</topic><topic>CHEMISTRY</topic><topic>COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR</topic><topic>CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES</topic><topic>ENZYMOLOGY</topic><topic>MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS</topic><topic>METALLURGY</topic><topic>MICROBIOLOGY</topic><topic>MUTATION OR GENETIC ENGINEERING</topic><topic>PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS</topic><topic>SPIRITS</topic><topic>VINEGAR</topic><topic>WINE</topic><toplevel>online_resources</toplevel><creatorcontrib>VOIGT, GESINE</creatorcontrib><creatorcontrib>STROHNER, PAVEL</creatorcontrib><creatorcontrib>SCHUNCK, WOLF-HAGEN</creatorcontrib><creatorcontrib>SCHREIBER, JOACHIM</creatorcontrib><creatorcontrib>NEUNABER, RALF</creatorcontrib><collection>esp@cenet</collection></facets><delivery><delcategory>Remote Search Resource</delcategory><fulltext>fulltext_linktorsrc</fulltext></delivery><addata><au>VOIGT, GESINE</au><au>STROHNER, PAVEL</au><au>SCHUNCK, WOLF-HAGEN</au><au>SCHREIBER, JOACHIM</au><au>NEUNABER, RALF</au><format>patent</format><genre>patent</genre><ristype>GEN</ristype><title>METHOD FOR IDENTIFYING SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS (SNP) IN GENES WHICH METABOLIZE MEDICAMENTS AND TEST KIT FOR CARRYING OUT SAID METHOD</title><date>2004-07-08</date><risdate>2004</risdate><abstract>Die Erfindung betrifft ein vereinfachtes Verfahren zum Nachweis von SNP in Cytochrom P450 (CYP)-Genen des Menschen und ein Test Kit mit folgenden Komponenten: 1. 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Streptavidin beschichtete Glasobjektträger (SA-Chip) auf denen biotinierte, isoformspezifische, synthetische Oligonukleotide immobilisiert sind, welche mit partiell einzelsträngigen PCR Produkten hybridisiert werden, die durch diskriminierende Verlängerung eines allelspezifischen, endständig FITC markierten Oligonukleotides mittels Taq DNA Polymerase erzeugt wurden und durch nachfolgende stringente Waschung und anschließende Detektion mittels Fluorometrie bzw. Photometrie eine sichere Genotypisierung der hybridisierten Amplikons gewährleisten. Im Unterschied zu den bekannten "high-throughput"-Verfahren ermöglicht es die hier beschriebene Erfindung, auch an wenigen Einzelpatienten bei niedrigen Personal- und Sachkosten die therapeutisch wichtigen Befunde zur individuellen Ausstattung mit den verschiedenen CYP Allelen zu erheben.
The invention relates to a simplified method for identifying SNP in human cytochrome P450 (CYP) genes and to a test kit comprising the following components: 1. Novel synthetic oligonucleotides, suitable for amplifying gene segments in genes that metabolize medicaments, with the aid of isoform-specific (IS-PCR) DNA polymerase chain reaction technology (PCR), from genomic leukocyte DNA, 2. Components enabling the selective, thermostable, single-stranded immobilization of biotinated IS-PCR products on microplates coated with streptavidin (SA-MTP), 3. Test optimized, allele-specific, fluorescein isothiocyanate (FITC) labeled synthetic oligonucleotides, which guarantee a reliable genotyping of the immobilized amplification products (amplicons), by hybridization, subsequent stringent washing and finally detection using fluorometry or photometry, or alternatively 4. Streptavidin coated glass object carrier (SA chip), on which biotinated, isoform-specific, synthetic oligonucleotides are immobilized, which are hybridized with partially single-stranded PCR products that have been produced by a discriminatory extension of an allele-specific, terminally FITC labeled oligonucleotide using Taq DNA Polymerase and which guarantee a reliable genotyping of the immobilized amplicons by subsequent stringent washing and finally detection using fluorometry or photometry. In comparison with the known high-throughput method, said invention enables clinical findings, which are of therapeutic importance for an individual provision of the different CYP alleles, to be established at low cost in terms of personnel and resources, even for small numbers of individual patients.
L'invention concerne un procédé simplifié, servant à l'identification de SNP dans des gènes de cytochromes P450 (CYP) chez l'homme et un kit de test comportant les éléments suivants : 1) de nouveaux oligonucléotides de synthèse, appropriés pour amplifier des segments de gène dans des gènes du métabolisme de médicaments, par PCR (réaction en chaîne de l'ADN polymérase) spécifique des isoformes (IS--PCR) à partir d'ADN génomique de leucocytes ; 2) des éléments qui permettent d'immobiliser des produits IS-PCR biotinylés sous forme de simple brin sur des plaques de microtitration revêtues de streptavidine (SA-MTP) de manière sélective, thermostable et sous forme de simple brin ; 3) des oligonucléotides de synthèse, optimisés pour le test, spécifique de l'allèle considéré, marqués par un isothiocyanate de fluorescéine (FITC), qui assurent un génotypage fiable des produits d'amplification immobilisés (amplicons), par hybridation, suivie d'un lavage stringent et d'une détection par fluorométrie ou photométrie ; ou en variante 4) des porte-objets en verre revêtus de streptavidine (puce SA) sur lesquels sont immobilisés des oligonucléotides synthétiques, spécifiques des isoformes, biotinylés, hybridés par des produits de PCR partiellement simple brin, qui ont été produits par allongement discriminatoire d'un oligonucléotide marqués par un FITC, à l'extrémité terminale, spécifique à l'allèle, au moyen d'une Taq ADN polymérase et qui assurent un génotypage fiable de l'amplicon hybridé, par lavage stringent suivi d'une détection par fluorométrie ou photométrie. A la différence des procédés à haut débit connus, le procédé selon l'invention permet d'obtenir, avec de faibles coûts en personnel et en matériel, même à partir d'un faible nombre de patients individuels, des résultats importants sur le plan thérapeutique, le traitement étant adapté à chaque patient en fonction des différents allèles de CYP.</abstract><edition>7</edition><oa>free_for_read</oa></addata></record> |
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