METHODS AND COMPOSITIONS FOR DETECTION OF SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS

Methods and compositions for detecting a single nucleotide, in particular, a single nucleotide polymorphism (SNP) in a target nucleic acid molecule using a gap-sensitive flap endonuclease enzyme are disclosed. The methods involve annealing upstream and downstream probes to a target nucleic acid molecule such that an overlapping, non-complementary portion of the downstream probe forms a closed flap structure at the SNP site if it is present. If the SNP is not present an open flap structure forms with a gap at the SNP site. The closed flap structure is cleaved by a gap-sensitive flap endonuclease enzyme indicating the SNP is present in the target nucleic acid. La présente invention concerne des méthodes et des compositions permettant de détecter un nucléotide simple, notamment, un polymorphisme de nucléotide simple (SNP) dans une molécule d'acide nucléique cible à l'aide d'une enzyme d'endonucléase à volet sensible aux espaces vides. Lesdites méthodes consistent à hybrider des sondes situées en amont et en aval sur une molécule d'acide nucléique cible de telle sorte qu'une partie de chevauchement, non complémentaire de la sonde située en aval forme une structure à volet fermé au niveau du site de SNP s'il est présent. Si le SNP n'est pas présent, une structure à volet ouvert présentant un espace vide se forme au niveau du site de SNP. Ladite structure à volet fermé est clivée par une enzyme d'endonucléase à volet sensible aux espaces vides indiquant que le SNP est présent au niveau de l'acide nucléique cible.