METHODS AND DEVICES FOR CHARACTERIZING DUPLEX NUCLEIC ACID MOLECULES

Methods and devices are provided for characterizing a duplex nucleic acid, e.g., a duplex DNA molecule. In the subject methods, a fluid conducting medium that includes a duplex nucleic acid molecule is contacted with a nanopore under the influence of an applied electric field and the resulting changes in current through the nanopore caused by the duplex nucleic acid molecule are monitored. The observed changes in current through the nanopore are then employed as a set of data values to characterize the duplex nucleic acid, where the set of data values may be employed in raw form or manipulated, e.g., into a current blockage profile. Also provided are nanopore devices for practicing the subject methods, where the subject nanopore devices are characterized by the presence of an algorithm which directs a processing means to employ monitored changes in current through a nanopore to characterize a duplex nucleic acide molecule responsible for the current changes. The subject methods and devices find use in a variety of applications, including, among other applications, the identification of an analyte duplex DNA molecule in a sample, the specific base sequence at a single nucleotide polymorphism (SNP), and the sequencing of duplex DNA molecules. L'invention concerne des procédés et des dispositifs de caractérisation d'un acide nucléique bicaténaire, comme par exemple, une molécule d'ADN bicaténaire. Ces procédés consistent à mettre un milieu conducteur liquide renfermant une molécule d'acide nucléique bicaténaire en contact avec un nanopore sous l'effet d'un champ électrique appliqué et à contrôler les variations de courant résultantes à travers le nanopore, provoquées par la molécule d'acide nucléique bicaténaire. Les variations observées dans le courant, à travers le nanopore, sont ensuite utilisées comme série de valeurs de données pour caractériser l'acide nucléique bicaténaire, la série de valeurs de données pouvant être utilisée en l'état ou manipulée, comme par exemple, dans un profil à blocage de courant. L'invention concerne également des dispositifs à nanopores destinés à la mise en oeuvre de ces procédés, caractérisés par la présence d'un algorithme permettant de commander un dispositif de traitement destiné à utiliser les changement observés dans le courant à travers un nanopore pour caractériser une molécule d'acide nucléique bicaténaire responsable des changements de courant. Les procédés et dispositifs de la présente invention sont utiles dans un