METHOD OF GENOMIC ANALYSIS

The present invention provides a novel method of genomic analysis. In the method, an extension primer generated by capturing an unknown DNA sequence with an adaptor containing a class IIS RE recognition site is used in an extension/amplification reaction with a DNA sample to amplify a unique product containing the captured sequence. The method of the invention therefore allows identification and analysis of unknown sequences upstream to a known region or a sequence. The invention has a particular application to genotyping, including bacterial strain typing. Specifically, the invention provides a method of preparing extension primers to capture sequences from different genomic locations and their use as genetic markers. The invention also provides adaptors to prepare extension primers. La présente invention concerne un nouveau procédé d'analyse génomique. Selon ce procédé, une amorce d'extension, produite par capture d'une séquence d'ADN inconnue au moyen d'un adaptateur contenant un site de reconnaissance à endonucléase de restriction de classe IIS, est utilisée dans une réaction d'extension/d'amplification avec un échantillon d'ADN, afin d'amplifier un produit unique contenant la séquence capturée. Le procédé selon cette invention permet d'identifier et d'analyser des séquences inconnues situées en amont d'une région ou d'une séquence connue. Cette invention s'applique notamment au génotypage, tel que le typage de souches bactériennes. De manière spécifique, cette invention concerne un procédé pour préparer des amorces d'extension, afin de capturer des séquences à différents emplacements génomiques, ainsi que leur utilisation en tant que marqueurs génétiques. En outre, cette invention concerne des adaptateurs permettant de préparer des amorces d'extension.