CHARACTERIZING BIOLOGICAL STIMULI BY RESPONSE CURVES

A method for generating stimulus response curves (e.g., dose response curves) shows how the phenotype of one or more cells change in response to varying levels of the stimulus. Each "point" on the curve represents quantitative phenotype for cell(s) at a particular level of stimulus (e.g., dose of a therapeutic). The quantitative phenotypes are multivariate phenotypic representations of the cell(s). They include various features of the cell(s) obtained by image analysis. Such features often include basic parameters obtained from images (e.g., cell shape, nucleus area, Golgi texture) and/or biological characterizations derived from the basic parameters (e.g., cell cycle state, mitotic index, etc.). The stimulus response curves may be compared to allow classification of stimuli and identify subtle differences in related stimuli. To facilitate the comparison, it may be desirable to present the response curves in a principal component space. L'invention concerne une méthode destinée à générer des courbes de réponse à des stimuli (par ex. des courbes de réponse à une dose) et permettant de mettre en évidence le changement du phénotype d'une ou plusieurs cellules en réponse à différentes intensités de stimulus. Chaque /= de la courbe représente le phénotype quantitatif d'une ou plusieurs cellules pour une intensité de stimulus donnée (par ex. une dose de médicament). Les phénotypes quantitatifs constituent des représentations phénotypiques multifactorielles de la (ou des) cellule(s). Ils incluent différentes caractéristiques de la (ou des) cellule(s) obtenues par analyse d'images. Parmi ces caractéristiques figurent souvent des paramètres de base obtenus à partir d'images (ex : forme de la cellule, zone du noyau, texture de Golgi) et/ou de caractéristiques biologiques dérivées des paramètres de base (ex : état du cycle cellulaire, indice mitotique, etc.). Il est possible de comparer les courbes de réponse à des stimuli pour établir une classification des stimuli et identifier des différences subtiles entre les stimuli apparentés. Pour faciliter cette comparaison, il est souhaitable de représenter les courbes de réponse dans un espace de composants principal.