COMPUTER METHOD AND APPARATUS FOR REVEALING PROMOTOR MOTIFS

A computer search tool and supporting database is presented for use in analyzing genomes. The database is formed from a search of inverted and other repeats in a given genome, especially of motifs having such repeats. Indications of found repeats, length, location in the genome sequence and nearest gene are recorded in the database. The computer search tool includes a search engine, browser and drawing member. The search engine responds to user requests for certain repeats (e.g., specified in terms of length and/or subsequence within). The browser enables viewing of a graphical representation (generated by the drawing member) of the genome, with the repeats highlighted. The invention computer search tool enables analysis of the highlighted repeats against known regulatory sites/promotor motifs of other known sequences or relative to each other across the genome. L'invention concerne un outil de recherche et une base de données complémentaire informatiques destinés à l'analyse de génomes. La base de données est constituée à partir d'une recherche de séquences répétées inverses et d'autres séquences répétées dans un génome donné, particulièrement de motifs présentant de telles séquences répétées. Les indications sur les séquences répétées, leur longueur et leur localisation dans la séquence génomique et le gène le plus proche, telles qu'elles ont été trouvées, sont enregistrées dans la base de données. L'outil de recherche informatique comprend un moteur et un navigateur de recherche et un élément de dessin. Le moteur de recherche répond aux demandes de l'utilisateur cherchant certaines séquences répétées (par ex., des séquences spécifiques en termes de longueur et/ou de sous-séquence intégrée). Le navigateur de recherche permet de visualiser une représentation graphique (générée par l'élément de dessin) du génome, les séquences répétées étant mises en évidence. L'outil de recherche informatique de la présente invention permet d'analyser les séquences répétées mises en évidence en opposition aux sites de régulation connus/aux motifs promoteurs d'autres séquences connues ou comparativement les unes aux autres à travers le génome.