METHOD OF DETERMINING THE THREE-DIMENSIONAL SHAPE OF A MACROMOLECULE

The present invention provides a fast and efficient method for determining the three-dimensional conformation of a protein. The steps of the method of the invention include: 1) formation of physical distance constraints, e.g., forming intramolecular chemical crosslinks of known size between residues of a protein; 2) enriching the number of the molecules that have intramolecular chemical crosslinks in the reaction pool, e.g., using size separation to remove proteins with intermolecular bonds; 3) exposing the enriched reaction pool to a protease that cuts the protein at specific sites to produce peptide fragments; 4) measuring the size of the peptide fragments to determine linkage sites with a certain spatial relationship in the protein; and 5) interpreting the data produced to determine spatial geometry and protein structure based on the deduced spatial relationship of the linkage sites. The information is preferably analyzed with aid from a computer system, which can be used to generate and/or analyze distance constraints between amino acids. La présente invention concerne un procédé rapide et efficace qui permet de déterminer la conformation tridimensionnelle d'une protéine. Le procédé selon l'invention comprend les étapes suivantes: 1) on établit des limites de distance physique, par exemple en formant des réticulations chimiques intramoléculaires d'une taille connue entre des restes d'une protéine; 2) on enrichit le nombre de molécules ayant des réticulations chimiques intramoléculaires dans le groupe de réaction, par exemple au moyen d'une séparation fondée sur la taille pour éliminer les protéines ayant des liaisons intermoléculaires; 3) on expose le groupe de réaction enrichi à une protéase qui coupe la protéine au niveau de sites spécifiques pour produire des fragments peptidiques; 4) on mesure la taille des fragments peptidiques pour déterminer les sites de liaison ayant une certaine relation spatiale dans la protéine; et 5) on interprète les données produites pour déterminer le géométrie spatiale et la structure de la protéine sur la base de la relation spatiale déduite des sites de liaison. Ces information sont de préférence analysées à l'aide d'un système informatique, qui peut être utilisé pour générer et/ou analyser des limites de distance entre des acides aminés.