METHOD OF PREDICTING SECONDARY STRUCTURE OF PROTEIN
FIELD: chemistry. ^ SUBSTANCE: position of -spiral, -structural fragments and bends of the -structure in the amino acid sequence of the protein is predicted using a special software PREDICTOR by comparing fragments from five amino acids (penta-fragments) selected in the working file of the protein u...
Gespeichert in:
Hauptverfasser: | , |
---|---|
Format: | Patent |
Sprache: | eng ; rus |
Schlagworte: | |
Online-Zugang: | Volltext bestellen |
Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Zusammenfassung: | FIELD: chemistry. ^ SUBSTANCE: position of -spiral, -structural fragments and bends of the -structure in the amino acid sequence of the protein is predicted using a special software PREDICTOR by comparing fragments from five amino acids (penta-fragments) selected in the working file of the protein under analysis successively with shift towards one amino acid, starting with the N-end of the protein, with a special database of penta-fragments of proteins stored in computer memory and obtained using special software based on files with coordinates of atoms of the protein structures from free access Protein Data Bank. Based on information on numbers of folders successively entered into the working file for all penta-fragments selected in the amino acid sequence, the position of -spiral, -structural fragments and bends of -structures in the primary structure of the protein is determined, from which the secondary structure of the analysed protein is determined. ^ EFFECT: improved method. ^ 18 tbl, 3 ex
Изобретение относится к области биоинформатики и биотехнологии, в частности к прогнозированию вторичной структуры белка, и может быть использовано в молекулярной биологии и медицине. Положение α-спиральных, β-структурных фрагментов и изгибов β-структуры в последовательности аминокислот белка прогнозируют с помощью специально написанной программы PREDICTOR путем сравнения выделяемых в рабочем файле исследуемого белка последовательно, со сдвигом в одну аминокислоту фрагментов из пяти аминокислот (пентафрагментов), начиная с N-конца белка, со специально созданной базой данных пентафрагментов белков, введенной в память компьютера и полученной с помощью специально написанных программ на основе файлов с координатами атомов структур белков из свободного доступа Protein Data Bank. На основе сведений о номерах папок, последовательно внесенных в рабочий файл для всех выделенных в последовательности аминокислот пентафрагментов, определяют положение α-спиральных, β-структурных фрагментов и изгибов β-структуры в первичной структуре белка, по которым судят о вторичной структуре исследуемого белка. 18 табл. |
---|