SYSTEM AND METHOD FOR CHARACTERIZING PROTEIN DIMERIZATION

Systems and methods to characterize dimerization interfaces at the subdomain level of a protein are provided. An exemplary method includes digesting a protein dimer sample into subdomains, labeling the digested protein sample, isolating labeled dimeric and monomeric subdomain fragments, and peptide mapping the labeled sample to determine where the dimer fragments are labeled and where the dimer fragments are not labeled. Regions that show decreased labeling extents in the dimer fraction than that in the monomer fraction are likely involved or in close proximity to the dimerization interface. Se proporcionan sistemas y métodos para caracterizar interfaces de dimerización a nivel del subdominio de una proteína. Un método de ejemplo incluye digerir una muestra de dímero de proteína en subdominios, etiquetar la muestra de proteína digerida, aislar los fragmentos de subdominio diméricos y monoméricos etiquetados, y mapear los péptidos de la muestra etiquetada para determinar dónde los fragmentos de dímero están etiquetados y dónde los fragmentos de dimero no están etiquetados. Las regiones que muestran grados de etiquetado disminuido en la fracción de dímero con respecto a la fracción de monómero probablemente estén implicadas o cerca de la interfaz de dimerización.