Evaluación de la actividad de la ruta de señalización celular de JAK-STAT1/2 usando modelos matemáticos de la expresión de genes diana

Un método implementado por ordenador para inferir la actividad de una ruta de señalización celular de JAK- STAT1/2 en un sujeto, realizado por un dispositivo de procesamiento digital, en donde la inferencia comprende: recibir niveles de expresión de tres o más genes diana de la ruta de señalización celular de JAK-STAT1/2 medidos en una muestra del sujeto, determinar un nivel de actividad de un elemento de factor de transcripción (TF) JAK-STAT1/2 en la muestra del sujeto, controlando el elemento TF JAK-STAT1/2 la transcripción de los tres o más genes diana JAK-STAT1/2, basándose la determinación en la evaluación de un modelo de ruta matemático calibrado que relaciona los niveles de expresión de los tres o más genes diana de JAK-STAT1/2 con el nivel de actividad del elemento TF JAK-STAT1/2 y inferir la actividad de la ruta de señalización celular JAK-STAT1/2 en el sujeto basándose en el nivel de actividad determinado del elemento TF JAK-STAT1/2 en la muestra del sujeto, en donde los tres o más genes diana de JAK-STAT1/2 se seleccionan del grupo que consiste en: BID, GNAZ, IRF1, IRF7, IRF8, IRF9, LGALS1, NCF4, NFAM1, OAS1, PDCD1, RAB36, RBX1, RFPL3, SAMM50, SMARCB1, SSTR3, ST13, STAT1, TRMT1, UFD1L, USP18 y ZNRF3, preferentemente, del grupo que consiste en: IRF1, IRF7, IRF8, IRF9, OAS1, PDCD1, ST13, STAT1 y USP18, en el que se infiere que la actividad de la ruta de señalización celular JAK-STAT1/2 es actividad de IFN tipo I o bien actividad de IFN tipo II mediante el uso de dos modelos de ruta matemática calibrados, uno de los cuales se calibra en la actividad de IFN de tipo I y el otro en actividad de IFN tipo II. The present invention relates to a computer-implemented method for inferring activity of a JAK-STAT1/2 cellular signaling pathway in a subject based on expression levels of three or more target genes of the JAK-STAT1/2 cellular signaling pathway measured in a sample of the subject. The present invention further relates to an apparatus, to a non-transitory storage medium, and to a computer program for inferring activity of a JAK-STAT1/2 cellular signaling pathway in a subject. The present invention further relates to a kit for measuring expression levels of three or more target genes of the JAK-STAT1/2 cellular signaling pathway in a sample of a subject, to a kit for inferring activity of a JAK-STAT1/2 cellular signaling pathway in a subject, and to the use of such kits in performing the method.