Evaluación de la actividad de la ruta de señalización celular de TGF usando modelos matemáticos de la expresión de genes diana

Un método implementado por ordenador para inferir la actividad de una ruta de señalización celular de TGF-β en un sujeto, realizado por un dispositivo de procesamiento digital, en donde la inferencia comprende: recibir niveles de expresión de tres o más genes diana de la ruta de señalización celular de TGF-β medidos en una muestra del sujeto, determinar una actividad de la ruta de señalización celular de TGF-β basada en la evaluación de un modelo de ruta matemático calibrado que relaciona los niveles de expresión de los tres o más genes diana de TGF-β con un 1nivel de actividad de la familia de elementos del factor de transcripción (TF) de TGF-β, la familia de elementos de TF de TGF-β que controlan la transcripción de los tres o más genes diana de TGF-β, estando definida la actividad de la ruta de señalización celular de TGF-β por el nivel de actividad de la familia de elementos de TF de TGF-β, siendo el modelo de vía matemática calibrado un modelo que se calibra usando un conjunto de datos de verdad fundamental que incluye muestras en las cuales la transcripción de los tres o más genes diana de TGF-β se induce por la familia de elementos y muestras de TF de TGF-β en las cuales la transcripción de los tres o más genes diana de TGF-β no se induce por la familia de elementos de TF de TGF-β, en donde los tres o más genes diana de TGF-β se seleccionan del grupo que consiste en: ANGPTL4, CDC42EP3, CDKN1A, CDKN2B, CTGF, GADD45A, GADD45B, HMGA2, ID1, IL11, INPP5D, JUNB, MMP2, MMP9, NKX2-5, OVOL1, PDGFB, PTHLH, SERPINE1, SGK1, SKIL, SMAD4, SMAD5, SMAD6, SMAD7, SNAI1, SNAI2, TIMP1 y VEGFA, preferentemente, del grupo que consiste en: ANGPTL4, CDC42EP3, CDKN1A, CTGF, GADD45A, GADD45B, HMGA2, ID1, IL11, JUNB, PDGFB, PTHLH, SERPINE1, SGK1, SKIL, SMAD4, SMAD5, SMAD6, SMAD7, SNAI2 y VEGFA, más preferentemente, del grupo que consiste en: ANGPTL4, CDC42EP3, CDKN1A, CTGF, GADD45B, ID1, IL11, JUNB, PDGFB, SERPINE1, SKIL, SMAD7, SNAI2 y VEGFA, lo más preferentemente, del grupo que consiste en: ANGPTL4, CDC42EP3, ID1, IL11, JUNB, SERPINE1, SKIL y SMAD7, en donde la ruta de señalización celular de TGF-β se refiere a un proceso de señalización que conduce a la actividad transcripcional de la familia de elementos de TF de TGF-β y en donde la familia de elementos de TF de TGF-β son complejos de proteínas conteniendo cada uno un dímero de un miembro seleccionado del grupo que consiste en SMAD1, SMAD2, SMAD3, SMAD5 y SMAD8 con SMAD4 o un trímero de dos miembros seleccionados del gru