Método para la detección de polimorfismos basados en AFLP de alto rendimiento

Método para el descubrimiento, la detección y el genotipado de alto rendimiento de uno o más marcadoresgenéticos en una o más muestras, que comprende las etapas de:(a) proporcionar ADN de una o más muestras;(b) cortar el ADN con al menos una endonucleasa de restricción para producir fragmentos de restricción;(c) ligar adaptadores a los fragmentos de restricción para producir fragmentos de restricción ligados a adaptador;(d) amplificar los fragmentos de restricción ligados a adaptador con un par de cebadores que es complementario alos adaptadores para producir fragmentos de restricción ligados a adaptador preamplificados;(e) amplificar los fragmentos de restricción ligados a adaptador preamplificados con un par de cebadores,conteniendo al menos uno de los cebadores desde uno hasta 10 nucleótidos selectivos en su extremo 3' yconteniendo al menos uno de los cebadores una etiqueta identificadora en el extremo 5' del cebador para produciruna biblioteca de subconjuntos amplificados etiquetados de fragmentos de restricción ligados a adaptador para cadamuestra;(f) opcionalmente, agrupar las bibliotecas;(g) secuenciar las bibliotecas, comprendiendo la secuenciación las etapas de:- aparear los fragmentos de restricción ligados a adaptador con perlas, apareándose cada perla con un únicofragmento ligado a adaptador;- emulsionar las perlas en microrreactores de agua en aceite, comprendiendo cada microrreactor de agua en aceiteuna única perla;- realizar una PCR en emulsión para amplificar los fragmentos de restricción ligados a adaptador en la superficie delas perlas;- cargar las perlas en pocillos, comprendiendo cada pocillo una única perla; y- generar una señal de pirofosfato;(h) agrupar las secuencias por biblioteca, usando la etiqueta identificadora;(i) identificar marcadores genéticos dentro de la biblioteca y/o entre bibliotecas(j) determinar genotipos (co)dominantes de los marcadores genéticos en una o más bibliotecas. The invention relates to a method for the high throughput discovery, detection and genotyping of one or more genetic markers in one or more samples, comprising the steps of restriction endonuclease digest of DNA, adaptor-ligation, optional pre-amplification, selective amplification, pooling of the amplified products, sequencing the libraries with sufficient redundancy, clustering followed by identification of the genetic markers within the library and/or between libraries and determination of (co-)dominant genotypes of the genetic markers.