Method for the identification of microorganisms by mass spectrometry

Identifying microorganisms (A) by mass spectrometry (MS). Identifying microorganisms (A) by mass spectrometry (MS) comprises: (1) establishing a database (DB) that contains: (a) synthetic reference spectra (REFs) of known (A), produced by compiling a number of specific signals (S) for each (A), wher...

Ausführliche Beschreibung

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Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser: KALLOW, WIBKE, ERHARD, MARCEL, DIECKMANN, RALF, SAUERMANN, STEFAN
Format: Patent
Sprache:eng ; fre ; ger
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Beschreibung
Zusammenfassung:Identifying microorganisms (A) by mass spectrometry (MS). Identifying microorganisms (A) by mass spectrometry (MS) comprises: (1) establishing a database (DB) that contains: (a) synthetic reference spectra (REFs) of known (A), produced by compiling a number of specific signals (S) for each (A), where this number is fewer than the total number of signals in the natural reference spectrum (REFn); and (b) difference spectra (DIF) formed from any two REFs for known (A); (2) performing similarity analysis of a sample mass spectrum (SAM) of the organism being identified with REFs in DB; and (3) performing similarity analysis of SAM with at least some of the DIF in DB. An Independent claim is also included for a database for the process. Die Erfindung betrifft ein Verfahren zur Identifizierung von Mikroorganismen mittels Massenspektrometrie, insbesondere mittels MALDI-TOF-MS. Erfindungsgemäß wird eine Datenbank (DB) verwendet, die synthetische Referenzspektren (REFS) bekannter Mikroorganismen umfasst, welche durch Zusammenfassung einer gegenüber natürlichen Massenspektren (REFN) reduzierten Anzahl von für den jeweiligen Mikroorganismus spezifischen Signalen (S) gebildet werden, sowie Differenzspektren (DIF), welche durch Verrechnung jeweils zweier synthetischer Referenzspektren (REFS) der bekannten Mikroorganismen gebildet werden. Das Verfahren umfasst ferner einem ersten Analyseschritt, bei dem eine Ähnlichkeitsanalyse eines Probenmassenspektrums (SAM) eines zu identifizierenden Mikroorganismus mit den in der Datenbank (DB) enthaltenen synthetischen Referenzspektren (REFS) durchgeführt wird, und einen zweiten Analyseschritt, bei dem eine Ähnlichkeitsanalyse des Probenspektrums (SAM) mit wenigstens einem Teil der in der Datenbank (DB) enthaltenen Differenzspektren (DIF) durchgeführt wird.