Verfahren zur Detektion von bekannten Nukleotid-Modifikationen in einer RNA

Das Verfahren umfasst die Reverse Transkription der Template-RNA, die Amplifizierung und Hochdurchsatz-Sequenzierung der dabei gewonnenen cDNAs, das Mapping der sequenzierten cDNAs/Reads zum Referenzgenom mit computergestützten Alignment-Verfahren, eine computergestützte Auswertung der Mappingergebnisse hinsichtlich des Reverse-Transkriptions-Ereignismusters (der RT-Signatur) an den Nukleotid-Positionen und Einspeisung der digitalisierten Daten der RT-Signaturen in ein computer-basiertes, auf überwachtem maschinellem Lernen beruhendes Klassifizierungssystem. Die Reverse Transkription wird in parallelen Reaktionsansätzen mit verschiedenen Reversen Transkriptasen und/oder veschiedenen Reaktionsbedingungen durchgeführt. Die Auswertung der Mapping-Ergebnisse hinsichtlich der RT-Signatur erfolgt unter Verwendung der Ereignisse ,Abbruch' und/oder ,Read-Through mit Mismatch' und/oder ,Read-Through mit Sequenzlücke(n)'. Mit den parallelen Reaktionsansätzen gewonnene Daten von RT-Signaturen werden in das Klassifizierungssystem eingespeist. The method comprises: the reverse transcription of the template RNA, the amplification and high-throughput sequencing of the cDNAs obtained in this way, the mapping of the sequenced cDNAs/reads to the reference genome using computerized alignment methods, a computerized evaluation of the mapping results with regard to the reverse transcription event pattern (the RT signature) at the nucleotide positions and feeding the digitalised data of the RT signatures into a computerized machine learning based classification system. Reverse transcription is carried out in parallel reaction batches with different reverse transcriptases and/or under different reaction conditions. The evaluation of the mapping results with regard to the RT signature is carried out using the events 'arrest' and/or 'readthrough with mismatch' and/or 'readthrough with sequence gap(s)'. RT signature data obtained using the parallel reaction batches are fed into the classification system.