METHODS FOR IDENTIFYING MICROBES IN A CLINICAL AND NON-CLINICAL SETTING

The present invention relates to a method for identifying a microorganism in a biological sample by polymerase chain reaction (PCR), comprising the steps of a) providing a biological sample suspected of comprising microbes, and optionally isolating nucleic acid sequences from said biological sample; b) PCR amplifying at least one microbial rRNA internal transcribed spacer (ITS) region comprised in said optionally isolated nucleic acid sequences using a set of broad-taxonomic range amplification primers to thereby generate PCR amplicons from nucleic acid sequences of microbial origin; c) recording a high resolution melting curve for the PCR amplicons, and recording the length of the PCR amplicons; d) comparing the high resolution melting curve with a database comprising high resolution melting curves of reference amplicons of known microbial species or strains, to thereby obtain a first identity indicator; e) comparing the length of each PCR amplicon having a distinct length with a database comprising PCR amplicon lengths of reference amplicons of known microbial species or strains, to thereby obtain a second identity indicator; and f) identifying the microorganism present in said sample to the species or strain level if the first and second identity indicator match. La présente invention concerne un procédé d'identification d'un micro-organisme dans un échantillon biologique par réaction en chaîne par polymérase (PCR), consistant a) à fournir un échantillon biologique suspecté de comprendre des microbes, et éventuellement à isoler des séquences d'acide nucléique dudit échantillon biologique;b) à effectuer une amplification en chaîne par polymérase (PCR) en amplifiant au moins une région d'espaceur interne transcrit (ITS) d'ARNr microbien comprise dans lesdites séquences d'acide nucléique facultativement isolées à l'aide d'un ensemble d'amorces d'amplification à large plage taxonomique pour ainsi générer des amplicons de PCR à partir de séquences d'acide nucléique d'origine microbienne; c) à enregistrer une courbe de fusion haute résolution pour les amplicons de PCR, et à enregistrer la longueur des amplicons de PCR; d) à comparer la courbe de fusion haute résolution avec une base de données comprenant des courbes de fusion haute résolution d'amplicons de référence d'espèces ou de souches microbiennes connues, pour ainsi obtenir un premier indicateur d'identité; e) à comparer la longueur de chaque amplicon de PCR ayant une longueur distincte avec une base d