SYSTEMS AND METHODS FOR ASSOCIATING SINGLE CELL IMAGING WITH RNA TRANSCRIPTOMICS

Systems and methods for associating single cell imaging data with RNA transcriptomics. Single cells are isolated into microwells with a microbead having oligonucleotides conjugated on its surface. Each oligonucleotide includes a cell identifying optical barcode that is unique to that bead and binding sequence for RNA capture after cell lysis. The system is configured for loading single cells into the microarray and for flowing cell lysis buffers and other reagents into the microarray for performing RNA library sample preparation. The system is also configured for lowing optical hybridization probes that are complementary to the cell identifying optical barcodes and optically labeled onto the microwell array and for obtaining images of the microwells in response to the probes. The system and unique cell identifying optical barcodes and complementary optical hybridization probes facilitate a link between phenotypic imaging of cells resident on the microwell array with single cell whole transcriptome sequencing. L'invention concerne des systèmes et des procédés permettant d'associer des données d'imagerie à cellule individuelle à la transcriptomique ARN. Des cellules individuelles sont isolées dans des micropuits avec un microbille ayant des oligonucléotides conjugués sur sa surface. Chaque oligonucléotide comprend une cellule identifiant un code-barres optique étant unique à cette bille et une séquence de liaison pour la capture d'ARN après lyse cellulaire. Le système est conçu pour charger des cellules individuelles dans le microréseau et pour faire circuler des tampons de lyse cellulaire et d'autres réactifs dans le microréseau afin d'effectuer une préparation d'échantillon de banque d'ARN. Le système est également conçu pour faire fondre des sondes d'hybridation optique étant complémentaires de la cellule identifiant des codes-barres optiques, et marquées optiquement sur le réseau de micropuits, et pour obtenir des images des micropuits en réponse aux sondes. Le système et les codes-barres optiques identifiant les cellule individuelle et des sondes d'hybridation optique complémentaires facilitent une liaison entre une imagerie phénotypique de cellules contenues dans le réseau de micropuits avec un séquençage de transcriptome entier de cellule individuelle.