SYSTEMS AND METHODS FOR MASSIVELY PARALLEL COMBINATORIAL ANALYSIS OF SINGLE CELLS

Provided herein are methods that enable parallel evaluation of multiple functional nucleic acids in individual cells or subpopulations of cells, in the context of incubation with other types of single cells. The key insight is concurrent measurement of polynucleic acids derived from small populations of at least two different cell types, such that function in one cell type is linked to the clonal identity of another cell. These methods simultaneously process thousands, millions, or more single cells or small populations of cells. The method integrates molecular, algorithmic, and engineering approaches. This invention has broad and useful application in a number of biological and medical fields, including immunology and drug discovery. L'invention concerne des procédés qui permettent une évaluation parallèle de multiples acides nucléiques fonctionnels dans des cellules individuelles ou sous-populations de cellules, dans le contexte d'incubation avec d'autres types de cellules uniques. L'idée clé est la mesure simultanée d'acides polynucléiques dérivés de petites populations d'au moins deux types de cellules différents, de sorte que la fonction dans un type de cellule soit liée à l'identité clonale d'une autre cellule. Les procédés traitent simultanément des milliers, des millions voire plus de cellules uniques ou de petites populations de cellules. Le procédé intègre des approches moléculaires, algorithmiques et d'ingénierie. L'invention offre une application large et avantageuse dans un certain nombre de domaines biologiques et médicaux, y compris l'immunologie et la découverte de médicaments.