USING CELL-FREE DNA FRAGMENT SIZE TO DETERMINE COPY NUMBER VARIATIONS

Disclosed are methods for determining copy number variation (CNV) known or suspected to be associated with a variety of medical conditions. In some embodiments, methods are provided for determining copy number variation of fetuses using maternal samples comprising maternal and fetal cell free DNA. In some embodiments, methods are provided for determining CNVs known or suspected to be associated with a variety of medical conditions. Some embodiments disclosed herein provide methods to improve the sensitivity and/or specificity of sequence data analysis by deriving a fragment size parameter. In some implementations, information from fragments of different sizes are used to evaluate copy number variations. In some implementations, one or more t-statistics obtained from coverage information of the sequence of interest is used to evaluate copy number variations. In some implementations, one or more fetal fraction estimates are combined with one or more t-statistics to determine copy number variations. La présente invention concerne des procédés permettant de déterminer la variation du nombre de copies (VNC) que l'on sait ou que l'on soupçonne être associée à diverses affections médicales. Selon certains modes de réalisation, l'invention concerne des procédés destinés à la détermination de la variation du nombre de copies de ftus au moyen d'échantillons maternels comprenant l'ADN acellulaire ftal et maternel. Selon certains modes de réalisation, l'invention concerne des procédés permettant de déterminer des VNC que l'on sait ou que l'on soupçonne être associées à diverses affections médicales. Certains modes de réalisation de l'invention concernent des procédés permettant d'améliorer la sensibilité et/ou la spécificité de l'analyse de données de séquences en dérivant un paramètre de taille de fragments. Dans certaines mises en oeuvre, des informations de fragments de tailles différentes sont utilisées pour évaluer des variations du nombre de copies. Dans certaines mises en oeuvre, une ou plusieurs statistiques t obtenues à partir des informations de couverture de la séquence d'intérêt sont utilisées pour évaluer des variations du nombre de copies. Dans certaines mises en oeuvre, une ou plusieurs estimations de la fraction foetale sont combinées avec une ou plusieurs statistiques t pour déterminer des variations du nombre de copies.