SYSTEMS AND METHODS FOR SMART TOOLS IN SEQUENCE PIPELINES

The invention relates to bioinformatics pipelines and wrapper scripts that call executables in those pipelines and that also identify beneficial changes to the pipelines. A tool in a pipeline has a smart wrapper that can cause the tool to analyze the sequence data it receives but that can also select a change to the pipeline when circumstances warrant. In certain aspects, the invention provides a system for genomic analysis. The system includes a processor coupled to a non- transitory memory. The system is operable to present to a user a plurality of genomic tools organized into a pipeline. At least a first one of the tools comprises an executable and a wrapper script. The system can receive instructions from the user and sequence data instructions that call for the sequence data to be analyzed by the pipeline and select, using the wrapper script, a change to the pipeline. L'invention concerne des pipelines bio-informatiques et des scripts enveloppants qui appellent des exécutables dans ces pipelines et qui identifient également des modifications bénéfiques à apporter aux pipelines. Un outil dans un pipeline comprend un script enveloppant intelligent qui peut amener l'outil à analyser les données de séquence qu'il reçoit, mais qui peut également sélectionner une modification à apporter au pipeline lorsque les circonstances le justifient. Dans certains aspects, l'invention concerne un système d'analyse génomique. Le système comprend un processeur couplé à une mémoire non transitoire. Le système est utilisable pour présenter à un utilisateur une pluralité d'outils génomiques organisés en un pipeline. Au moins un premier des outils comprend un exécutable et un script enveloppant. Le système peut recevoir des instructions de l'utilisateur et des données de séquence des instructions qui appellent les données de séquence à analyser par le pipeline et sélectionner, à l'aide du script enveloppant, une modification à apporter au pipeline.