NUCLEIC ACID PROBE AND METHOD OF DETECTING GENOMIC FRAGMENTS

Provided herein, among other things, is a method of processing a nucleic acid sample. In some embodiments, the method comprises a) hybridizing a sample comprising a target fragment to a nucleic acid probe comprising: i. a head sequence and a tail sequence, wherein the head and tail sequences are at the ends of a first oligonucleotide molecule; and ii. a splint sequence comprising, in order: an upstream flanking sequence that is complementary to the head sequence; a target complementary sequence that is complementary to the target fragment; and a downstream flanking sequence that is complementary to the tail sequence; thereby producing a hybridization product in which the ends of the target fragment are ligatably adjacent to the ends of the head and tail sequences in the first oligonucleotide molecule; and b) ligating the ends of the target fragment to the ends of the head and tail sequences of the first oligonucleotide molecule, thereby producing a cyclic product that comprises the target fragment and the head and tail sequences. Probes and kits for performing the method are also provided. L'invention concerne, entre autres, un procédé de traitement d'un échantillon d'acides nucléiques. Dans certains modes de réalisation, le procédé consiste à: a) hybrider un échantillon comprenant un fragment cible à une sonde d'acides nucléiques comprenant: i) une séquence de tête et une séquence de queue situées aux extrémités d'une première molécule oligonucléotidique; et ii) une séquence de ligature comprenant, dans l'ordre: une séquence flanquante amont complémentaire de la séquence de tête; une séquence complémentaire de la cible, qui est complémentaire du fragment cible; et une séquence flanquante aval complémentaire de la séquence de queue, ce qui permet d'obtenir un produit d'hybridation dans lequel les extrémités du fragment cible sont adjacentes par ligature aux extrémités des séquences de tête et de queue de la première molécule oligonucléotidique; et b) ligaturer les extrémités du fragment cible aux extrémités des séquences de tête et de queue de la première molécule oligonucléotidique, ce qui permet d'obtenir un produit cyclique comprenant le fragment cible et les séquences de tête et de queue. On décrit également des sondes et des kits permettant de mettre en oeuvre le procédé invention.