PROBE:ANTIPROBE COMPOSITIONS FOR HIGH SPECIFICITY DNA OR RNA DETECTION

Compositions and methods are provided for amplifying and or detecting nucleic acid targets using labeled polynucleotide probes and antiprobes that interact together and with complementary targets. Competitive thermodynamic interactions of these components result in signaling changes that indicate target frequency, and can provide error-checking functions that facilitate single base discrimination. These probe:antiprobe compositions enable real-time PCR detection, end-point detection and microarray detection of microbial species, drug resistant mutants, and cancer related variants. Some probe:antiprobe systems function as an internal probe, between two primers, and some function as a primer-probe. Some target sequences are discriminated or quantified by employing two probe:antiprobe systems to detect different aspects of the same template. Systems are also provided that enhance target amplification and detection for specific single base variants. A probe may also be modified by introducing a base mismatch to increase thermodynamic discrimination of a correct versus incorrect target differing by a single base. L'invention concerne des compositions et procédés pour l'amplification et ou la détection de cibles acides nucléiques à l'aide de sondes et anti-sondes polynucléotidiques marquées qui interagissent ensemble et avec des cibles complémentaires. Des interactions thermodynamiques de compétition de ces composants conduisent à des modifications de signalisation qui indiquent la fréquence d'une cible et peuvent fournir des fonctions de vérification d'erreur qui facilitent une discrimination de base unique. Ces compositions sonde:anti-sonde permettent une détection par PCR en temps réel, une détection de point terminal et une détection sur micropuce d'espèces microbiennes, de mutants résistant à un médicament et de variants associés au cancer. Certains systèmes sonde:anti-sonde fonctionnent comme sonde interne, entre deux amorces, et certains fonctionnent comme amorce:sonde. Certaines séquences cibles sont discriminées ou quantifiées par l'utilisation de deux systèmes sonde:anti-sonde pour détecter différents aspects du même modèle. L'invention concerne également des systèmes qui améliorent l'amplification et la détection d'une cible pour des variants spécifiques de base unique. Une sonde peut également être modifiée par l'introduction d'un mésappariement de base pour augmenter une discrimination thermodynamique d'une cible correcte par rapport à incorrecte qu