NUCLEIC ACID DETECTION AND QUANTIFICATION BY POST-HYBRIDIZATION LABELING AND UNIVERSAL ENCODING

The present invention provides, among other things, methods and compositions for detecting and quantifying target nucleic acids via post-hybridization labeling. In some embodiments, the present invention provides a method for detecting the presence and/or abundance of target nucleic acids in a sample by (a) contacting a plurality of nucleic acid probes with a sample, each nucleic acid probe comprising a capturing sequence for binding a target nucleic acid and an adjacent adapter sequence for binding a universal adapter; (b) incubating the plurality of probes and the sample, in the presence of one or more universal adapters, under conditions that permit binding of both an individual target nucleic acid and an individual universal adapter to a same individual nucleic acid probe; (c) carrying out a reaction that allows coupling of the individual universal adapter to the individual target nucleic acid when hybridized to the same individual nucleic acid probe; (d) detecting the presence of the one or more universal adapters associated with the plurality of nucleic acid probes, thereby detecting the presence of the target nucleic acids in the sample. Typically, universal adapters are labeled with detectable moieties or other labeling groups to facilitate detection. In some embodiments, the plurality of nucleic acid probes suitable for the invention are attached to a substrate or object (e.g., microarray, or particle). La présente invention concerne, entre autres, des procédés et des compositions de détection et de quantification d'acides nucléiques cibles par un marquage post-hybridation. Dans certains modes de réalisation, la présente invention concerne un procédé de détection de la présence et/ou de l'abondance d'acides nucléiques cibles dans un échantillon par (a) la mise en contact d'une pluralité de sondes d'acide nucléique avec un échantillon, chaque sonde d'acide nucléique comportant une séquence de capture pour la liaison à un acide nucléique cible et une séquence adaptatrice adjacente pour la liaison à un adaptateur universel ; (b) l'incubation de la pluralité de sondes et de l'échantillon, en présence d'un ou de plusieurs adaptateurs universels dans des conditions qui permettent la liaison à la fois d'un acide nucléique cible individuel et d'un adaptateur universel individuel à une même sonde d'acide nucléique individuelle ; (c) l'exécution d'une réaction qui permet le couplage de l'adaptateur universel individuel à l'acide nucléique cible individuel l