Detection of genetic polymorphism in Iraqi barley using SSR-PCR analysis

Nine Iraqi varieties of barley (Hordeum vulgare L.) has been differentiated and diagnosed using simple sequence repeat markers to detect their genetic polymorphism. Six SSR primers were used for genetic screening of barley samples (IPA 265, IPA 99, Tuwaitha, Hitra, Rayhan, Shuaa, Bawadi, Samir and Al_khair). These primers generated total PCR product (11) bands divided to 8 polymorphic bands 3 monomorphic bands. the percentage of polymorphism 80% ranged between (50-100%). a mean value of polymorphic band per primer was 1.6 . these primers produced amplification fragment at Molecular weight between 75-900 bp. One unique band was generated at size 200bp, this band can be used as a DNA profiling of all studied genotypes. These results appeared genetic distances ranged between (0.01098-0.99708) among studied varieties. Using the unweighed pair-group method using arithmetic averages (UPGMA) cluster analysis, nine barley landraces were clustered into two main clusters depending on their ancestors and to their spike type (two-row and six-row barley). These results will be useful for barley germplasm management in terms of biodiversity protection and breeder’s rights protection. تسعة أصناف من الشعير العراقي تم تمييزها و تشخيصها باستخدام مؤشرات التكرار التسلسلي البسيط للكشف عن التباين الوراثي فيما بينها. استخدمت ستة بادئات خاصة في الفحص الجيني لعينات الشعير (أباء 265، أباء 99، تويثة، الحضر، ريحان، شعاع، بوادي، سمير، الخير). أنتجت تلك البادئات 11 حزمة قسمت إلى 8 حزم متباينة و 3 منها حزم متماثلة. و بلغ التباين الوراثي 80 % و تراوح بين (50-100 %). و كان معدل الحزم المتباينة لكل بادئ 1.6. هذه البادئات أنتجت حزم مضخمه بوزن جزيئي بين 75-900 زوج قاعدي. ظهرت حزمة فريدة واحدة بوزن 200 زوج قاعدي، هذه الحزمة يمكن استخدامها كمؤشر وراثي للأصناف المدروسة. أظهرت هذه النتائج نسبة البعد الوراثي بين (0.01098-0.99708) للأصناف المدروسة. استخدام التحليل العنقودي جمع الأصناف التسع في مجموعتين رئيسيتين اعتمادا على أسلافهم و نوع السنبلة (2 صف و 6 صف) و هذه النتائج تفيد في إدارة الأصول الوراثية من حيث حماية التنوع البيولوجي و حماية حقوق المربي.