Rapd-pcr and phylogenetic analysis of e. coli isolated from human and cattle urinary tract infections

هدفت هذه الدراسة إلى عزل جراثيم الإشريكية القولونية المسببة لالتهابات المسالك البولية للإنسان و الأبقار لفحص التنوع الجزيئي و علاقة النشوء و التطور للعزلات. تم جمع 100 عينة بول من المسالك البولية للإنسان و الابقار. تم التعرف على العزلات باستخدام طرق التشخيص الروتينية و تم تأكيدها بواسطة الفايتك 2. تم إجراء اختبار فحص الحساسية للبكتريا ضد 10 من المضادات الحيوية. تم استخدام تقنية سلسلة تفاعل الحمض النووي المضخم العشوائي متعدد الأشكال المعتمد على تفاعل البوليمرات المتسلسل الوراثي بين عزلات الاشريكية القولونية لاستكشاف ما إذا كانت هناك علاقة وراثية بين أنواع بكتريا الإشريكية القولونية باستخدام خمسة بادئات مختلفة من الأوكتامر. أنشأ برنامج الجيل ج لتحليل النشوء و التطور ما يسمى دندروغرام. تم عزل الإشريكية القولونية من 12 من بين 50 عينة بول بشري 24٪، و كانت نسبة العزل 10٪ (5 من 50) في عينات بول الابقار. فيما يتعلق باختبار الحساسية للمضادات الحيوية، أظهرت العزلات البشرية و الحيوانية نتائج متشابهة إلى حد ما عند اختبارها بشكل أساسي ضد الإيميبينيم و السيفوتاكسيم و السيبروفلوكساسين. قد تشير بيانات امضادات الحيوية هذه إلى وجود درجة من التشابه بين العزلات البشرية و الحيوانية. باستخدام تفاعل السلسلة المتبلمرة، أنتجت ثلاثة من البادئات نطاقات متعددة الأشكال ؛ لذلك، تم استخدامها لمزيد من تحليل النتائج. أظهر كل من البادئات ب1 أو ب3 أو ب4 وجود تشابه بين عزلات الإنسان و الأبقار. نستنتج من ذلك بأن فحص الحمض النووي المضخم العشوائي متعدد الأشكال المعتمد على تفاعل البوليمرات المتسلسل و الجيل ج ذات فائدة جذابة لتحديد و تحليل حدوث العلاقات الجينية، حيث يمكن أن يساعد ذلك في التحكم في طرق و مصادر انتقال العدوى بين الإنسان و الحيوان من أجل منع العدوى الحيوانية المنشأ. This study aimed at isolating uropathogenic Escherichia coli from urinary tract infections (UTIs) of human and cattle to examine the molecular diversity and phylogenetic relationship of the isolates. A total of 100 urine samples were collected from UTIs of human and cattle. The isolates identification was done using routine diagnostic methods and confirmed by Vitek2. Antimicrobial susceptibility was tested against 10 antimicrobials. Random amplified polymorphic DNA (RAPD)-polymerase chain reaction (PCR) was applied to identify the genetic diversity among E. coli isolates from human and animal origin by using five different octamer primers. The gelJ software for the phylogenetic analysis created Dendrograms. Out of 50 human urine samples, E. coli was isolated from 12 (24 %) samples, and was positive in 5 out of 50 (10 %) of cattle urine samples. Concerning the antimicrobial susceptibility test, both human and animal isolat