Candidate SNPs for carcass and meat traits in Nelore animals and in their crosses with Bos taurus

The objective of this work was to evaluate the effects of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the genes IGF1 (AF_017143.1:g.198C>T), MSTN (AF_320998.1:g.433C>A), MYOD1 (NC_007313:g.1274A>G) and MYF5 (NC_007303:g.1911A>G) on carcass and meat traits in Nelore (Bos indicus) and Nelore x B. taurus. A total of 300 animals were genotyped and phenotyped for rib eye area (REA), backfat thickness (BT), intramuscular fat (IF), shear force (SF) and myofibrillar fragmentation index (MFI). The effects of allele substitution for each SNP were estimated by regression of the evaluated phenotypes on the number of copies of a particular allele using the general linear model. The polymorphism at IGF1 was non-informative in Nelore animals. In crossbred animals, the IGF1 C allele was associated with greater REA. However, this relation was not significant after Bonferroni correction for multiple testing. The A allele of the MSTN polymorphism was absent in Nelore cattle and was only found in two crossbred animals. The polymorphisms of MYOD1 and MYF5 were little informative in Nelore animals with G allele frequency of 0.097 and A allele frequency of 0.031, respectively. These markers show no association with the analyzed traits in the total sample of evaluated animals. O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) dos genes IGF1 (AF_017143.1:g.198C>T), MSTN (AF_320998.1:g.433C>A), MYOD1 (NC_007313:g.1274A>G) e MYF5 (NC_007303:g.1911A>G) nas características da carcaça e da carne em Nelore (Bos indicus) e Nelore x B. taurus. Trezentos animais foram genotipados e fenotipados para área de olho de lombo (REA), espessura de gordura na carcaça (BT), gordura intramuscular (IF), força de cisalhamento (SF) e índice de fragmentação miofibrilar (MFI). Os efeitos da substituição de alelos para cada SNP foram estimados por regressão dos fenótipos analisados sobre o número de cópias de um alelo em particular com uso de modelo linear geral. O polimorfismo do IGF1 foi não informativo nos animais Nelore. Nos animais cruzados, o alelo C do IGF1 foi associado à maior REA. No entanto, essa relação não se manteve significativa após a correção de Bonferroni para testes múltiplos. O alelo A do polimorfismo do MSTN mostrou-se ausente no gado Nelore e foi encontrado apenas em dois animais cruzados. Os polimorfismos do MYOD1 e do MYF5 foram pouco informativos nos animais Nelore com frequência do alelo G de 0, 097 e do alelo A de 0, 031, respectivamente. E