Diversidad genética y estructura poblacional del cerdo negro lampiño de Yucatán usando chip SNP50
RESUMEN: La estructura poblacional y diversidad genética de 104 cerdos negros lampiños de Yucatán (NLY) y ocho de raza Duroc fueron caracterizados usando un chip SNP50K. Se obtuvo la estructura poblacional, se calculó un análisis de componentes principales (ACP), menor alelo frecuencia (MAF), Hetero...
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| Veröffentlicht in: | Abanico veterinario 2020-12, Vol.10 (1) |
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| description | RESUMEN: La estructura poblacional y diversidad genética de 104 cerdos negros lampiños de Yucatán (NLY) y ocho de raza Duroc fueron caracterizados usando un chip SNP50K. Se obtuvo la estructura poblacional, se calculó un análisis de componentes principales (ACP), menor alelo frecuencia (MAF), Heterocigosidad observada (Ho), Consanguinidad (F), Índice de Fijación de individuos en subpoblaciones (Fis), índice de alogamia (t) y análisis de asociación para identificar SNP diferentes entre poblaciones. Según el análisis Admixture la población NLY se estructura en tres subpoblaciones. El componente genético de Duroc en subpoblaciones NLY es bajo de 0.0036 a 0.0353, apreciándose una subpoblación con mayor diversidad genética, con valores más bajos de F, Fis y mayor Ho y t. Se identificaron SNP (p |
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Se obtuvo la estructura poblacional, se calculó un análisis de componentes principales (ACP), menor alelo frecuencia (MAF), Heterocigosidad observada (Ho), Consanguinidad (F), Índice de Fijación de individuos en subpoblaciones (Fis), índice de alogamia (t) y análisis de asociación para identificar SNP diferentes entre poblaciones. Según el análisis Admixture la población NLY se estructura en tres subpoblaciones. El componente genético de Duroc en subpoblaciones NLY es bajo de 0.0036 a 0.0353, apreciándose una subpoblación con mayor diversidad genética, con valores más bajos de F, Fis y mayor Ho y t. Se identificaron SNP (p<1.21E-50 a p< 6.4E-20), asociados con genes y procesos biológicos. Genes EHF, DST, PDE8A, FOXA1 y VCL relacionados con la diferenciación de células epiteliales, la morfogénesis y desarrollo del epitelio. Otros 30 SNPs relacionados con el metabolismo de nutrientes, 23 SNPs en transporte de nutrientes, 11 SNPs a inmunidad, 10 SNPs a músculo, esqueleto y embrionario, y siete SNPs a sinapsis y receptores. NLY está distante de Duroc con diferente estructura poblacional y diversidad genética, con diferentes genes que implican procesos biológicos importantes.</description><identifier>ISSN: 2448-6132</identifier><identifier>ISSN: 2007-428X</identifier><identifier>DOI: 10.21929/abavet2020.10</identifier><language>por ; spa</language><publisher>Sergio Martínez González</publisher><subject>Agriculture, Dairy & Animal Science ; creole pig ; diversidad genética ; estructura poblacional y cerdo criollo ; genetic diversity ; Genetic resources ; population structure ; Recursos genéticos ; SNP ; Veterinary Sciences</subject><ispartof>Abanico veterinario, 2020-12, Vol.10 (1)</ispartof><rights>This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.</rights><rights>LICENCIA DE USO: Los documentos a texto completo incluidos en Dialnet son de acceso libre y propiedad de sus autores y/o editores. Por tanto, cualquier acto de reproducción, distribución, comunicación pública y/o transformación total o parcial requiere el consentimiento expreso y escrito de aquéllos. Cualquier enlace al texto completo de estos documentos deberá hacerse a través de la URL oficial de éstos en Dialnet. Más información: https://dialnet.unirioja.es/info/derechosOAI | INTELLECTUAL PROPERTY RIGHTS STATEMENT: Full text documents hosted by Dialnet are protected by copyright and/or related rights. This digital object is accessible without charge, but its use is subject to the licensing conditions set by its authors or editors. Unless expressly stated otherwise in the licensing conditions, you are free to linking, browsing, printing and making a copy for your own personal purposes. All other acts of reproduction and communication to the public are subject to the licensing conditions expressed by editors and authors and require consent from them. Any link to this document should be made using its official URL in Dialnet. 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Se obtuvo la estructura poblacional, se calculó un análisis de componentes principales (ACP), menor alelo frecuencia (MAF), Heterocigosidad observada (Ho), Consanguinidad (F), Índice de Fijación de individuos en subpoblaciones (Fis), índice de alogamia (t) y análisis de asociación para identificar SNP diferentes entre poblaciones. Según el análisis Admixture la población NLY se estructura en tres subpoblaciones. El componente genético de Duroc en subpoblaciones NLY es bajo de 0.0036 a 0.0353, apreciándose una subpoblación con mayor diversidad genética, con valores más bajos de F, Fis y mayor Ho y t. Se identificaron SNP (p<1.21E-50 a p< 6.4E-20), asociados con genes y procesos biológicos. Genes EHF, DST, PDE8A, FOXA1 y VCL relacionados con la diferenciación de células epiteliales, la morfogénesis y desarrollo del epitelio. Otros 30 SNPs relacionados con el metabolismo de nutrientes, 23 SNPs en transporte de nutrientes, 11 SNPs a inmunidad, 10 SNPs a músculo, esqueleto y embrionario, y siete SNPs a sinapsis y receptores. NLY está distante de Duroc con diferente estructura poblacional y diversidad genética, con diferentes genes que implican procesos biológicos importantes.</description><subject>Agriculture, Dairy & Animal Science</subject><subject>creole pig</subject><subject>diversidad genética</subject><subject>estructura poblacional y cerdo criollo</subject><subject>genetic diversity</subject><subject>Genetic resources</subject><subject>population structure</subject><subject>Recursos genéticos</subject><subject>SNP</subject><subject>Veterinary Sciences</subject><issn>2448-6132</issn><issn>2007-428X</issn><fulltext>true</fulltext><rsrctype>article</rsrctype><creationdate>2020</creationdate><recordtype>article</recordtype><sourceid>FKZ</sourceid><recordid>eNo1kM1KAzEQgHNQsNRePecFtibZ7G4CXkr9haJie_EUJj_WlO2mJLuFPo5Hjz5DX8xdqjDMwMx8A_MhdEXJlFHJ5DVo2LuWEUamlJyhEeNcZCXN2QWapOQ1yUtORMmrEbK3fu9i8hYsXrvm-N16A_iAXWpjZ9ouAt4FXYPxoYEaW1dj46INuHHrGHAN250__oR-gN87A-3xq8FdgqbfMJ9-h5fPrwW5ROcfUCc3-atjtLy_W80fs8XLw9N8tsisZDyjVlJhdF5ZqY3QhRVcW8M441RYTZlzkhfAhixE6RgIYDmtJGMGeFnlY3Rzumo91I1r1S76LcSDCuDVf69rfPRhA8olNXtbEUIoJ5WQRY9PT3gy3tVBbUIX-5eTWg761KBvMDoQfVCe_wLPtG_I</recordid><startdate>20201201</startdate><enddate>20201201</enddate><creator>Sansor Nah, Raúl</creator><creator>Lemus Flores, Clemente</creator><creator>Burgos Paz, William</creator><creator>Toledo Alvarado, Hugo O</creator><creator>Dzib Cauich, Dany</creator><creator>Morales, Rogelio Alonso</creator><general>Sergio Martínez González</general><scope>GPN</scope><scope>AGMXS</scope><scope>FKZ</scope></search><sort><creationdate>20201201</creationdate><title>Diversidad genética y estructura poblacional del cerdo negro lampiño de Yucatán usando chip SNP50</title><author>Sansor Nah, Raúl ; Lemus Flores, Clemente ; Burgos Paz, William ; Toledo Alvarado, Hugo O ; Dzib Cauich, Dany ; Morales, Rogelio Alonso</author></sort><facets><frbrtype>5</frbrtype><frbrgroupid>cdi_FETCH-LOGICAL-d924-1d918cb37d9bc8b5d84bdc242418db12ee945a2e945886e2a8a2317922ca4673</frbrgroupid><rsrctype>articles</rsrctype><prefilter>articles</prefilter><language>por ; spa</language><creationdate>2020</creationdate><topic>Agriculture, Dairy & Animal Science</topic><topic>creole pig</topic><topic>diversidad genética</topic><topic>estructura poblacional y cerdo criollo</topic><topic>genetic diversity</topic><topic>Genetic resources</topic><topic>population structure</topic><topic>Recursos genéticos</topic><topic>SNP</topic><topic>Veterinary Sciences</topic><toplevel>online_resources</toplevel><creatorcontrib>Sansor Nah, Raúl</creatorcontrib><creatorcontrib>Lemus Flores, Clemente</creatorcontrib><creatorcontrib>Burgos Paz, William</creatorcontrib><creatorcontrib>Toledo Alvarado, Hugo O</creatorcontrib><creatorcontrib>Dzib Cauich, Dany</creatorcontrib><creatorcontrib>Morales, Rogelio Alonso</creatorcontrib><collection>SciELO</collection><collection>Dialnet (Open Access Full Text)</collection><collection>Dialnet</collection><jtitle>Abanico veterinario</jtitle></facets><delivery><delcategory>Remote Search Resource</delcategory><fulltext>fulltext_linktorsrc</fulltext></delivery><addata><au>Sansor Nah, Raúl</au><au>Lemus Flores, Clemente</au><au>Burgos Paz, William</au><au>Toledo Alvarado, Hugo O</au><au>Dzib Cauich, Dany</au><au>Morales, Rogelio Alonso</au><format>journal</format><genre>article</genre><ristype>JOUR</ristype><atitle>Diversidad genética y estructura poblacional del cerdo negro lampiño de Yucatán usando chip SNP50</atitle><jtitle>Abanico veterinario</jtitle><addtitle>Abanico vet</addtitle><date>2020-12-01</date><risdate>2020</risdate><volume>10</volume><issue>1</issue><issn>2448-6132</issn><issn>2007-428X</issn><abstract>RESUMEN: La estructura poblacional y diversidad genética de 104 cerdos negros lampiños de Yucatán (NLY) y ocho de raza Duroc fueron caracterizados usando un chip SNP50K. Se obtuvo la estructura poblacional, se calculó un análisis de componentes principales (ACP), menor alelo frecuencia (MAF), Heterocigosidad observada (Ho), Consanguinidad (F), Índice de Fijación de individuos en subpoblaciones (Fis), índice de alogamia (t) y análisis de asociación para identificar SNP diferentes entre poblaciones. Según el análisis Admixture la población NLY se estructura en tres subpoblaciones. El componente genético de Duroc en subpoblaciones NLY es bajo de 0.0036 a 0.0353, apreciándose una subpoblación con mayor diversidad genética, con valores más bajos de F, Fis y mayor Ho y t. Se identificaron SNP (p<1.21E-50 a p< 6.4E-20), asociados con genes y procesos biológicos. Genes EHF, DST, PDE8A, FOXA1 y VCL relacionados con la diferenciación de células epiteliales, la morfogénesis y desarrollo del epitelio. 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