Inference of hidden population substructure of the Iberian pig breed using multilocus microsatellite data

El censo y la estructura de la raza porcina Ibérica han experimentado cambios importantes durante las últimas décadas. Se han utilizado métodos bayesianos basados en genotipos multigénicos para discernir la actual estructura de la raza e identificar en ella poblaciones genéticamente singulares. Con este objetivo, se genotiparon 36 microsatélites en muestras de ADN procedentes de 170 cerdos Ibéricos asignados previamente a las estirpes o variedades Torbiscal, Guadyerbas, Retinto, Entrepelado y Lampiño además de 64 cerdos Duroc. Cuando se tuvo en cuenta esta asignación previa en el análisis, se obtuvo una partición óptima de sólo cinco clases, una de las cuales agrupaba las variedades Retinto y Entrepelado. El análisis individual, ignorando la asignación previa de los animales a las razas o variedades, permitió inferir una partición más compleja de diez clases. Los resultados de los análisis con modelos de mestizaje mostraron una importante proporción de animales mestizos preasignados a las variedades Retinto, Entrepelado y Lampiño. Las frecuencias de los alelos específicos del gen MC1R confirmaron el importante flujo genético producido entre estas variedades. Una futura definición de unidades de conservación en la raza Ibérica debería considerar estos resultados.